| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 158,587 | 0 | G | T | 12.5% | 1009.8 / 89.4 | 296 | intergenic (‑69/‑5) | ligT/hrpB | 2'‑5' RNA ligase/putative ATP‑dependent helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (138/121); new base T (19/18); total (157/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
TGGCGCGCCAATGGATAATCTGTTCGCGGATTTCTGCAGGTAAGTCGATAGCAAAGAACAGACGTTGCGGTTCAGACATGTGAGGCACTCGGTTATGAATTACCGCGATGCTACAATGTGGCGCGAAGAATGTTAACCCTCTGGAGCGTTTTGTGTCGTCGTTGCCCGTTGCTGCCGTCTTACCTGAATTACTTACCGCTCTCGATTGTGCGCCGCAGGTATTATTAAGTGCGCCGACCGGGGCCGGGAAATCAACCTGGCTGCCGCTGCAACTGCTGGCGCATCCCGGCATTAAC > CP009273/158440‑158735 | tgGCGCGCCAATGGATAATCTGTTCGCGGATTTCTGCAGGTAAGTCGATAGCAAAGAACAGACGTTGCGGTTCAGACATGTGAGGCACTCGGTTATGAATTACCGCGATGCTACAATGTGGCGCGAAGAATGTTAACCCTCTGGAGCGtt > 1:2591761/1‑150 (MQ=255) ggCGCGCCAATGGATAATCTGTTCGCGGATTTCTGCAGGTAAGTCGATAGCAAAGAACAGACGTTGCGGTTCAGACATGTGAGGCACTCGGTTATGAATTACCGCGATGCTACAATGTGGCGCGAAGAATGTTAACCCTCTGGAGCGttt < 1:1244182/150‑1 (MQ=255) cgcgcCAATGGATAATCTGTTCGCGGATTTCTGCAGGTAAGTCGATAGCAAAGAACAGACGTTGCGGTTCAGACATGTGAGGCACTCGGTTATGAATTACCGCGATGCTACAATGTGGCGCGAAGAATGTTAACCCTCTGGAGCGTTTtg < 1:3404505/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |