Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 1,605,093 | A→T | 12.9% | intergenic (‑156/+71) | uxaB ← / ← yneF | altronate oxidoreductase, NAD‑dependent/putative membrane‑bound diguanylate cyclase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,605,093 | 0 | A | T | 12.9% | 722.7 / 87.3 | 241 | intergenic (‑156/+71) | uxaB/yneF | altronate oxidoreductase, NAD‑dependent/putative membrane‑bound diguanylate cyclase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (111/99); new base T (20/11); total (131/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.85e-01 |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
TTCCCTTCTGATTAGTCATACAACCTGTTTGAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAGTGGTAGAACACATTGCATTCAAATCGCGCGTAATGAATAAAGATGTCAGACAACTTCCTCACCGTAACGCATAGTGCTGGTACGGTTGCGCCCATCTTTCTTCGAGCGATACAGACACGTATCG > CP009273/1604944‑1605242 | ttCCCTTCTGATTAGTCATACAACCTGTTTGAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGaa < 2:1765928/150‑1 (MQ=255) ccTTCTGATTAGTCATACAACCTGTTTGAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGacaaa > 2:891779/1‑150 (MQ=255) cTTCTGATTAGTCATACAACCTGTTTGAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAAc < 2:1551874/150‑1 (MQ=255) cTTCTGATTAGTCATACAACCTGTTTGAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAAc < 2:3925377/150‑1 (MQ=255) cTTCTGATTAGTCATACAACCTGTTTGAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAAc < 1:2716729/150‑1 (MQ=255) gATTAGTCATACAACCTGTTTGAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCtt < 1:3576089/150‑1 (MQ=255) aTTAGTCATACAACCTGTTTGAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCTGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCttt < 1:2622401/150‑1 (MQ=255) aTTAGTCATACAACCTGTTTGAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCttt < 2:3908235/150‑1 (MQ=255) ttAGTCATACAACCTGTTTGAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCtttt < 1:1160187/150‑1 (MQ=255) gTCATACAACCTGTTTGAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCt < 2:2510947/150‑1 (MQ=255) cATACAACCTGTTTGAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTgg < 2:744134/150‑1 (MQ=255) aTACAACCTGTTTGAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGATAAACGCCTTTTCCTGGa > 2:1141405/1‑150 (MQ=255) aTACAACCTGTTTGAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGa < 2:3418880/150‑1 (MQ=255) aCAACCTGTTTGAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGATAAACGCCTTTTCCTGGATc < 2:2843860/150‑1 (MQ=255) cAACCTGTTTGAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCa > 2:3658278/1‑150 (MQ=255) aaCCTGTTTGAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCAt > 1:1074075/1‑150 (MQ=255) cTGTTTGAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATaaa > 1:2034669/1‑150 (MQ=255) cTGTTTGAATTGGTACGACAGGTTAGCAAAATTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGTATCATTGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATaaa < 2:1228622/150‑1 (MQ=255) tGTTTGAATTGGTACGACAGGTTAGAAAACTTTAATACGCCGAACCCCTTTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGTATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAg < 2:2078521/150‑1 (MQ=255) tGAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAGTGGt < 1:4524215/150‑1 (MQ=255) gAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAGTGGTa < 1:2303645/150‑1 (MQ=255) gAATTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAGTGGTa < 2:3500612/150‑1 (MQ=255) aTTGGTACGACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAGTGGTAGa > 2:4164143/1‑150 (MQ=255) gACAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAGTGGTAGAACACATTg < 2:4053150/150‑1 (MQ=255) aCAGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAGTGGTAGAACACATTGc > 1:4474781/1‑150 (MQ=255) aGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAGTGGTAGAACACATTGCAt > 1:437525/1‑150 (MQ=255) aGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAGTGGTAGAACACATTGCAt < 1:2052178/150‑1 (MQ=255) aGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAGTGGTAGAACACATTGCAt > 1:434573/1‑150 (MQ=255) aGGTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAGTGGTAGAACACATTGCAt < 1:3970956/150‑1 (MQ=255) gTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAGTGGTAGAACACATTGCATTc > 1:2844744/1‑150 (MQ=255) gTTAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAGTGGTAGAACACATTGCATTc > 1:259466/1‑150 (MQ=255) tAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAGTGGTAGAACACATTGCATTCaa > 2:67375/1‑150 (MQ=255) tAGCAAACTTTAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAGTGGTAGAACACATTGCATTCaa > 2:531618/1‑150 (MQ=255) 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tAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAGTGGTAGAACACATTGCATTCAAATCGCGCGTa > 1:1935056/1‑150 (MQ=255) tAATACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAGTGGTAGAACACATTGCATTCAAATCGCGCGTa > 1:1935035/1‑150 (MQ=255) aTACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAGTGGTAGAACACATTGCATTCAAATCGCGCGTAAt < 1:1782603/150‑1 (MQ=255) tACGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAGTGGTAGAACACATTGCATTCAAATCGCGCGTAATg < 1:4449957/150‑1 (MQ=255) aCGCCGAACCCCTGTTTTGATCAACTCCTGATGATTAATGAGCAGTTTTATGAGAAAAGTGTGGCGCGGATCATGGTTTAATCGAGGAAAAACGCCTTTTCCTGGATCATAAAGTGGTAGAACACATTGCATTCAAATCGCGCGTAATGa < 1:3843865/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |