Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 166,356 | C→A | 11.1% | S31* (TCG→TAG) | fhuC → | iron‑hydroxamate transporter subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 166,356 | 0 | C | A | 11.1% | 838.9 / 58.0 | 238 | S31* (TCG→TAG) | fhuC | iron‑hydroxamate transporter subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (117/94); new base A (16/11); total (133/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.38e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
GTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCA > CP009273/166207‑166505 | gTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTc < 2:3845117/150‑1 (MQ=255) ttCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGGGCCCATTTCACAAGTGGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGt < 1:3158237/150‑1 (MQ=255) tttCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCt > 2:4270635/1‑150 (MQ=255) tttCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCt > 2:416718/1‑150 (MQ=255) ctctTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGACTCATTCCGATACCCCGTTTGCACTGCGGAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCGTTTGCATCCGCGGGAGTTAACCTTTc > 2:3162215/1‑150 (MQ=255) tctTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTcc < 1:1098668/150‑1 (MQ=255) ctTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAAACATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCt > 2:4421134/1‑150 (MQ=255) ggCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGa < 1:2909658/150‑1 (MQ=255) cACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGaaa > 2:4283453/1‑150 (MQ=255) gATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCGTTCCTGCCGGGAAAGTGa > 2:1032333/1‑150 (MQ=255) aTTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGAc > 1:2814307/1‑150 (MQ=255) aTTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGAc > 1:551998/1‑150 (MQ=255) tttCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGAcc < 1:97226/150‑1 (MQ=255) 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aGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACg > 2:1067866/1‑150 (MQ=255) aGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACg < 2:1950821/150‑1 (MQ=255) ttGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGt < 2:2991830/150‑1 (MQ=255) tGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGtt < 2:2044551/150‑1 (MQ=255) ggCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTc > 2:2922558/1‑150 (MQ=255) 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gCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCAGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACGCTGCTCACAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCt > 1:1285010/1‑150 (MQ=255) cTTTTGCATCCGCTGTAGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATTCTATGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTg > 2:3329572/1‑150 (MQ=255) cTTTTGCATCCGCTGTAGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTTGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGACGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTg > 2:2704101/1‑150 (MQ=255) cATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGc > 2:3953825/1‑150 (MQ=255) aTCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCt > 1:2246657/1‑150 (MQ=255) aTCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCt < 1:2777233/150‑1 (MQ=255) ccGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAACGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTgg < 2:4491828/150‑1 (MQ=255) ccGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTgg > 2:1905738/1‑150 (MQ=255) gCTGTAGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTgggg < 2:1082460/150‑3 (MQ=255) tGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGagca > 2:2871186/1‑150 (MQ=255) tGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGagca > 1:2330174/1‑150 (MQ=255) cGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAgcagca < 2:2472699/150‑1 (MQ=255) | GTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGACCGGTCTGATTGGTCACAACGGTTCTGGTAAATCCACTCTGCTCAAAATGCTTGGCCGTCATCAGCCGCCGTCGGAAGGGGAGATTCTTCTTGATGCCCAACCGCTGGAAAGCTGGAGCAGCA > CP009273/166207‑166505 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |