| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,698,876 | G→T | 16.6% | A23A (GCG→GCT) | blr → | beta‑lactam resistance membrane protein; divisome‑associated protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,698,876 | 0 | G | T | 16.6% | 705.5 / 91.9 | 236 | A23A (GCG→GCT) | blr | beta‑lactam resistance membrane protein; divisome‑associated protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (110/85); new base T (18/22); total (128/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
AAATCTTGCTGGAGCTATTATTGCTAAGTAACATTTACCCCCTGAAGTTAATGGATCAATCAAGAGAGATGTGGGCTGTAATGAATCGTCTTATTGAATTAACAGGTTGGATCGTTCTTGTCGTTTCAGTCATTCTTCTTGGCGTGGCGAGTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCTGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATG > CP009273/1698728‑1699024 | tCTTGCTGGAGCTATTATTGCTAAGTAACATTTACCCCCTGAAGTTAATGGATCAATCAAGAGAGATGTGGGCTGTAATGAATCGTCTTATTGAATTAACAGGTTGGATCGTTCTTGTCGTTTCAGTCATTCTTCTTGGCGTGGCGAGTc > 2:1707205/1‑150 (MQ=255) ttGCTGGAGCTATTATTGCTAAGTAACATTTACCCCCTGAAGTTAATGGATCAATCAAGAGAGATGTGGGCTGTAATGAATCGTCTTATTGAATTAACAGGTTGGATCGTTCTTGTCGTTTCAGTCATTCTTCTTGGCGTGGCGAGTcac > 2:172252/1‑150 (MQ=255) gCTGGAGCTATTATTGCTAAGTAACATTTACCCCCTGAAGTTAATGGATCAATCAAGAGAGATGTGGGCTGTAATGAATCGTCTTATTGAATTAACAGGTTGGATCGTTCTTGTCGTTTCAGTCATTCTTCTTGGCGTGGCTAGTCACAt < 2:3465120/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |