| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 169,092 | T→G | 6.2% | L382V (TTG→GTG) | fhuB → | fused iron‑hydroxamate transporter subunits of ABC superfamily: membrane components |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 169,092 | 0 | T | G | 6.2% | 762.9 / 6.7 | 276 | L382V (TTG→GTG) | fhuB | fused iron‑hydroxamate transporter subunits of ABC superfamily: membrane components |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (103/147); new base G (23/2); total (127/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.18e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
GGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGCCCGGAAGTGCTGGGGATTAGCTCCGGCGCG > CP009273/168944‑169241 | ggATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGCGCGGGGCGtt > 2:3975320/1‑150 (MQ=255) gATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTTCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTTTTGGCTGTGGTGGTGGCGCGGTCGGTTGGTGGGGGTGCGCCCCGCGGGGCGGGGGCGGGCGGGGCGGTg > 1:937267/1‑150 (MQ=255) gATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTAGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTg < 2:2169609/150‑1 (MQ=255) gATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCGGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTg > 2:4052750/1‑150 (MQ=255) atatGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCGGTGGGGGGGGCGCGGGCGTTTGGGCGGGTTGCGCACGGCAGGTCGTGGGCGAGCGGGGCGTTGc > 2:4262965/1‑150 (MQ=255) tatGATGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCt < 1:1004294/150‑1 (MQ=255) atGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTTATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTGGTGATGCGCACGGCTGGACGGGGGCGAGCGGGGCGTTtctc > 2:913006/1‑150 (MQ=255) atGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTc > 2:87161/1‑150 (MQ=255) tGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCg < 1:2517235/150‑1 (MQ=255) aaGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTGGTGTTTCGCCCGGCGGGACGGGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAg > 1:4080289/1‑150 (MQ=255) aGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATTCGCACGGCTGGGCCTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAgg > 1:2253905/1‑150 (MQ=255) aGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAgg < 1:1761410/150‑1 (MQ=255) aGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAgg < 1:4039286/150‑1 (MQ=255) cAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTGGTGTTGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGAttt > 2:3220163/1‑150 (MQ=255) cAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGAttt > 2:2967174/1‑150 (MQ=255) aaCGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTTCCCTCGCGGGCGGCGTGCGGCTGTTGATGGCTGTGGGGGTGGCGCGGTCGTTTTGTCGTGATTCGCACCGCTGGGCGGGGGCGAGCGGGGCGGTGCGCGCGGATTTa > 2:1150683/1‑150 (MQ=255) aaCGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTTCCCACGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTTATTGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTTGTCGTGATGCGCACGGCGGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTTCTCGAGGAATTa > 1:4454007/1‑150 (MQ=255) aaCGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTTCCCACGCGGGCGGCGGGGTGCTGTTGTTTGCTGGGGGGGTGGCGCTGGCGTTTTGTCGTGATGCGCACCGCGGGGCGGGGGCGAGCGGGGCGGTGGTCGAGGAtttt > 1:2179281/1‑149 (MQ=255) aaCGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCGGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCGGTCGTTTGGTCGTGGTGCGCACCGCGGGACGGGGGCGCGCGGGGCGGTGCTCCAGGATTTa > 1:2190100/1‑150 (MQ=255) aCGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGCTGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTaa < 2:2372902/150‑1 (MQ=255) tCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACAGGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGcc < 2:343230/150‑1 (MQ=255) cGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGccc < 2:1793276/150‑1 (MQ=255) gtgtCGCGGCTGACCGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGGTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCt < 2:4524469/150‑1 (MQ=255) cgcgGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGgcg < 2:2411559/150‑1 (MQ=255) ggCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTTGTCGTGATGCGCCCGGCAGGACGTGGGCGAGCGGGGCGGTGCTCGAGGATTTAATTCCCAGGCGCTg > 1:2207166/1‑150 (MQ=255) ggCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTg < 2:1654327/150‑1 (MQ=255) ggCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTGGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGGTGCGCGCGGATTTAATGCCCGGGCGCTg > 2:3766261/1‑150 (MQ=255) gCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCGGTCGTTTTGTCGTGATTCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTgg > 2:4430543/1‑150 (MQ=255) cTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGc < 1:3345522/150‑1 (MQ=255) tGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATTCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGCTTTAATTCCCTGGCGCTGGcc > 2:1706825/1‑150 (MQ=255) aaCGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTTATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGGTTTGTCGTGTTGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGGGGTTCTCGAGGTTTTAATTCCCAGGCGCGGGccac > 1:3715748/1‑148 (MQ=255) gCCAACATGTGCTGGCGTTTTCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGaa > 2:3626128/1‑150 (MQ=255) gCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATTCCCTGGCGCTGGCCGCGaa > 2:608495/1‑150 (MQ=255) gCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCGGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGaa > 2:1470833/1‑150 (MQ=255) ccAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAAt < 1:1131619/150‑1 (MQ=255) ccAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAAt < 1:2663250/150‑1 (MQ=255) aaCATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCGGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAAAGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTa > 2:1111491/1‑150 (MQ=255) aCATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTAt < 1:1658668/150‑1 (MQ=255) cTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGgcggcg > 2:2854202/1‑150 (MQ=255) tGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATTCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTTCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGgcgc > 1:1867592/1‑150 (MQ=255) ggCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCt < 1:1401303/150‑1 (MQ=255) gCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGTTTCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATTCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTg > 1:135172/1‑150 (MQ=255) gTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGtt > 1:4494185/1‑150 (MQ=255) cccTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCgg > 2:3717507/1‑150 (MQ=255) cTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTTGTCGTGTTTCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTTCTCGAGGATTTAATTCCCGGGCGCTGGCCGCGCAGTATGGCGGCGCTGTTTTCGGGc > 1:491337/1‑150 (MQ=255) ggcgTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCtg < 1:208942/150‑1 (MQ=255) gTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCtggcg < 2:2894383/150‑1 (MQ=255) gTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCtggcg < 2:2707768/150‑1 (MQ=255) gctgctGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATTCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCtggcggt > 2:3060156/1‑150 (MQ=255) tgctgTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTTGTCGTGATGCGCACGGCGGGACGTGGGGGCGCGGGGCGGTGCTCGAGGATTTAATTCCCAGGCGCGGGCCGCGCATTATTGCGGCGCGGTTTTGGGGCGTCATTCtggcggggg > 1:3114368/1‑150 (MQ=255) tgctgTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGGTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCtggcggtgg > 2:1907552/1‑150 (MQ=255) tgTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTTGTCGTGATTAGCACCGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAAATCCCTGGCGCTGGCCGCGAAATATTGCGGCGCTGTTTTAGGGCGTCAAGCtggcggtggcgg > 1:1610809/1‑150 (MQ=255) tgTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTTGTCGTGAAGCGCACCGCAGGACGGGGGCGAGCCGGGCGGTGCTCGAGGCTTTAATTCCCCGGCGCTGGCCGCGCAATATTGCGGCGCGGTTTTCGGGCGTCATGCtggcggtggggg > 1:4287517/1‑150 (MQ=255) 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cGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGCCCGGAAGTGCTGGGGATTAGCTCcggcg > 2:2497588/1‑150 (MQ=255) ttGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGCCCGGAAGTGCTGGGGATTAGCTCcggcgcg < 1:3454806/150‑1 (MQ=255) | GGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGCCCGGAAGTGCTGGGGATTAGCTCCGGCGCG > CP009273/168944‑169241 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |