| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,828,918 | C→A | 13.2% | V182V (GTC→GTA) | ydjY → | putative ferrodoxin‑like lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,828,918 | 0 | C | A | 13.2% | 900.9 / 85.5 | 272 | V182V (GTC→GTA) | ydjY | putative ferrodoxin‑like lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (114/122); new base A (19/17); total (133/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
AACTGGCAAGGGGCGGCAAAAGCGTATTCCTTCGATGAAGTGATTGTTGACAGTAATGGCAAGAAACTGGACATGCGCTTTGGCGGTAATTTAACGGCAGCAGAAGAGAAGAAAACGGGTTGCCTGGTGTGTCTGGATAGCTGCCCGGTCGGCATCGTCAGCAATGCAACATACACTTATGGTGCGGTTGAAAAACGTGGTGAAGTTAAATTCAAAGGCAATGCCTCAGTTCTCCCGGCGGATAACACGCTGGCAACGGTTACCTTTAAAATCGCCGAATAAAGCCAGGATAAAGGATG > CP009273/1828769‑1829067 | aaCTGGCAAGGGGCGGCAAAAGCGTATTCCTTCGATGAAGTGATTGTTGACAGTAATGGCAAGAAACTGGACATGCGCTTTGGCGGTAATTTAACGGCAGCAGAAGAGAAGAAAACGGGTTGCCTGGTGTGTCTGGATAGCTGCCCGGTc < 1:702813/150‑1 (MQ=255) cTGGCAAGGGGCGGCAAAAGCGTATTCCTTCGATGAAGTGATTGTTGACAGTAATGGCAAGAAACTGGACATGCGCTTTGGCGGTAATTTAACGGCAGCAGAAGAGAAGAAAACGGGTTGCCTGGTGTGTCTGGATAGCTGCCCGGTCgg > 2:3791004/1‑150 (MQ=255) gCAAGGGGCGGCAAAAGCGTATTCCTTCGATGAAGTGATTGTTGACAGTAATGGCAAGAAACTGGACATGCGCTTTGGCGGTAATTTAACGGCAGCAGAAGAGAAGAAAACGGGTTGCCTGGTGTGTCTGGATAGCTGCCCGGTCGGCAt > 2:3282448/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |