| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 181,035 | C→A | 5.4% | P174P (CCG→CCT) | yaeI ← | phosphodiesterase with model substrate bis‑pNPP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 181,035 | 0 | C | A | 5.4% | 963.4 / 23.0 | 250 | P174P (CCG→CCT) | yaeI | phosphodiesterase with model substrate bis‑pNPP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (112/124); new base A (8/6); total (120/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
AAAGGTTCACCAACCAACGGTACGCGCAGTTGCCCGCCGTGAGTATGGCCGCACAGCATCAGATCCCAGGGTTCATCACGCATGACTTCTTTGCTGTCGGGATTATGCGCCAGCACCAGTCTTGGCAGATTGGCTTCGCTGGCGGGAGGCGGTTTGCATTGTCCGGCCCATAAGTCACCAGTGCCTACCAGTTCGAATTGCCTGTTCGGCGTGGCGATCACCGTAGCCTGGTTAAACAACACCGTGATGCCCGCTGATTTCAACGTCTCGCCAATTAAGTGATTTTTTTCTGTACCAAC > CP009273/180886‑181184 | aaaGGTTCACCAACCAACGGTACGCGCAGTTGCCCGCCGTGAGTATGGCCGCACAGCATCAGATCCCAGGGTTCATCACGCATGACTTCTTTGCTGTCGGGATTATGCGCCAGCACCAGTCTTGGCAGATTGGCTTCGCTGGCGGGAGGc > 1:3478102/1‑150 (MQ=255) aaGGTTCACCAACCAACGGTACGCGCAGTTGCCCGCCGTGAGTATGGCCGCACAGCATCAGATCCCAGGGTTCATCACGCATGACTTCTTTGCTGTCGGGATTATGCGCCAGCACCAGTCTTGGCAGATTGGCTTCGCTGGCGGGAGGCg > 1:2842191/1‑150 (MQ=255) ggTTCACCAACCAACGGTACGCGCAGTTGCCCGCCGTGAGTATGGCCGCACAGCATCAGATCCCAGGGTTCATCACGCATGACTTCTTTGCTGTCGGGATTATGCGCCAGCACCAGTCTTGGCAGATTGGCTTCGCTGGCGGGAGGCGGt > 2:2292610/1‑150 (MQ=255) 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aGGCGGTTTGCATTGTCCGGCCCATAAGTCACCAGTGCCTACCAGTTCGAATTGCCTGTTCGGCGTGGCGATCACCGTAGCCTGGTTAAACAACACCGTGATGCCCGCTGATTTCAACGTCTCGCCAATTAAGTGATTTTTTTCTGTAcc < 2:337512/150‑1 (MQ=255) cGGTTTGCATTGTCCGGCCCATAAGTCACCAGTGCCTACCAGTTCGAATTGCCTGTTCGGCGTGGCGATCACCGTAGCCTGGTTAAACAACACCGTGATGCCCGCTGATTTCAACGTCTCGCCAATTAAGTGATTTTTTTCTGTACCAAc < 1:1536346/150‑1 (MQ=255) | AAAGGTTCACCAACCAACGGTACGCGCAGTTGCCCGCCGTGAGTATGGCCGCACAGCATCAGATCCCAGGGTTCATCACGCATGACTTCTTTGCTGTCGGGATTATGCGCCAGCACCAGTCTTGGCAGATTGGCTTCGCTGGCGGGAGGCGGTTTGCATTGTCCGGCCCATAAGTCACCAGTGCCTACCAGTTCGAATTGCCTGTTCGGCGTGGCGATCACCGTAGCCTGGTTAAACAACACCGTGATGCCCGCTGATTTCAACGTCTCGCCAATTAAGTGATTTTTTTCTGTACCAAC > CP009273/180886‑181184 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |