| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,067,205 | G→A | 5.4% | G729D (GGC→GAC) | flu → | CP4‑44 prophage; antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,067,205 | 0 | G | A | 5.4% | 1063.6 / 31.8 | 295 | G729D (GGC→GAC) | flu | CP4‑44 prophage; antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (146/132); new base A (10/6); total (157/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
AGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCGCAGCCATCAGACCGGTGTAAATGGTGAAAACAACAGCGTCCGTCTCAGCATTCAGGGCGGTCATCTCGGTCACGATAACAATGGCGGTATTGCCCGTGGGGCCACGCCGGAAAGCAGCGGCAGCTATGGATTCGTCCGTCTG > CP009273/2067057‑2067353 | aGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGAAGGc > 1:3445924/1‑150 (MQ=255) cTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTcc > 1:3491408/1‑150 (MQ=255) tGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGACTccc > 2:4192761/1‑150 (MQ=255) 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cAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCGCAGCCATCAGACCGGTGTAAATGGTGAAAACAACAg > 2:2423626/1‑150 (MQ=255) aGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCGCAGCCATCAGACCGGTGTAAATGGTGAAAACAACAGc < 1:4082606/150‑1 (MQ=255) aGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGACTCCCGCAGCCATCAGACCGGTGTAAATGGTGACAACAACAGc > 1:257398/1‑150 (MQ=255) aGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGACTCCCGCAGCCATCAGACCGGTGTAAATGGTGAAAACAACAGc > 1:554914/1‑150 (MQ=255) tgatgaGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCGCAGCCATCAGACCGGTGTAAATGGTGAAAACAACAGcgt < 2:1390559/150‑1 (MQ=255) 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ggCAGGCTCCCGCAGCCATCAGACCGGTGTAAATGGTGAAAACAACAGCGTCCGTCTCAGCATTCAGGGCGGTCATCTCGGTCACGATAACAATGGCGGTATTGCCCGTGGGGCCACGCCGGAAAGCAGCGGCAGCTATGGATTcgtccg < 1:3300894/150‑1 (MQ=255) ggCTCCCGCAGCCATCAGACCGGTGTAAATGGTGAAAACAACAGCGTCCGTCTCAGCATTCAGGGCGGTCATCTCGGTCACGATAACAATGGCGGTATTGCCCGTGGGGCCACGCCGGAAAGCAGCGGCAGCTATGGATTCGTCCGTCTg < 2:1203809/150‑1 (MQ=255) | AGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCGCAGCCATCAGACCGGTGTAAATGGTGAAAACAACAGCGTCCGTCTCAGCATTCAGGGCGGTCATCTCGGTCACGATAACAATGGCGGTATTGCCCGTGGGGCCACGCCGGAAAGCAGCGGCAGCTATGGATTCGTCCGTCTG > CP009273/2067057‑2067353 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |