| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,126,692 | T→A | 11.9% | T63S (ACT→TCT) | wcaA ← | putative glycosyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,126,692 | 0 | T | A | 11.9% | 831.1 / 76.8 | 257 | T63S (ACT→TCT) | wcaA | putative glycosyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (101/125); new base A (15/16); total (116/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
TTGCTGTTTATGGGCGAGGAAGACGCTCAGACGGTTGGGTGTCCATTCGTCATCGTCATCAATCCCGGTGATATATTCCCCTTGCGCCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGATACGCGGATCGTTGAGGGCGGTGACGTACTGTTGCAGTTGTTCCCAGGAGGTGGAGCAATCATCCACGATGATCATCTCCCAGTTGCTGTAGTCCTGGCGCAAAACCGATTTTATTGCCCGAATCGCCAGTTGTTGGCGGTTCCAGG > CP009273/2126543‑2126841 | tGCTGTTTATGGGCGAGGAAGACGCTCAGACGGTTGGGTGTCCATTCGTCATCGTCATCAATCCCGGTGATATATTCCCCTTGCGCCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTg < 1:1504214/150‑1 (MQ=255) gCTGTTTATGGGCGAGGAAGACGCTCAGACGGTTGGGTGTCCATTCGTCATCGTCATCAATCCCGGTGATATATTCCCCTTGCGCCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGa < 2:4009219/150‑1 (MQ=255) gTTTATGGGCGAGGAAGACGCTCAGACGGTTGGGTGTCCATTCGTCATCGTCATCAATCCCGGTGATATATTCCCCTTGCGCCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGATAc < 2:810354/150‑1 (MQ=255) gTTTATGGGCGAGGAAGACGCTCAGACGGTTGGGTGTCCATTCGTCATCGTCATCAATCCCGGTGATATATTCCCCTTGCGCCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGATAc > 2:3804421/1‑150 (MQ=255) tATGGGCGAGGAAGACGCTCAGACGGTTGGGTGTCCATTCGTCATCGTCATCAATCCCGGTGATATATTCCCCTTGCGCCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGATAcgcg < 2:486451/150‑1 (MQ=255) tATGGGCGAGGAAGACGCTCAGACGGTTGGGTGTCCATTCGTCATCGTCATCAATCCCGGTGATATATTCCCCTTGCGCCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGATAcgcg > 2:1265490/1‑150 (MQ=255) ggCGAGGAAGACGCTCAGACGGTTGGGTGTCCATTCGTCATCGTCATCAATCCCGGTGATATATTCCCCTTGCGCCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGATACGCGGATc < 1:3654779/150‑1 (MQ=255) gAGGAAGACGCTCAGACGGTTGGGTGTCCATTCGTCATCGTCATCAATCCCGGTGATATATTCCCCTTGCGCCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGATACGCGGATCGtt < 1:1018180/150‑1 (MQ=255) 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gtcatcAATCCCGGTGATATATTCCCCTTGCGCCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGATACGCGGATCGTTGAGGGCGGTGACGTACTGTTGCAGTTGTTCCCAGGAGGt < 2:2753521/150‑1 (MQ=255) tcatcaATCCCGGTGATATATTCCCCTTGCGCCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGATACGCGGATCGTTGAGGGCGGTGACGTACTGTTGCAGTTGTTCCCAGGAGGTg < 2:1889428/150‑1 (MQ=255) tcatcaATCCCGGTGATATATTCCCCTTGCGCCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGAGATACGCGGATCGTTGAGGGCGGTGACGTACTGTTGCAGTTGTTCCCAGGAGGTg < 2:1973103/150‑1 (MQ=255) atcaATCCCGGTGATATATTCCCCTTGCGCCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGAGATACGCGGATCGTTGAGGGCGGTGACGTACTGTTGCAGTTGTTCCCAGGAGGTGGa < 2:3268969/150‑1 (MQ=255) aTCCCGGTGATATATTCCCCTTGCGCCAGCATAATCGCCTGGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGATACGCGGATCGTTGAGGGCGGTGACGTACTGTTGCAGTTGTTCCCAGGAGGTGGAGCaa < 2:2155124/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |