Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,144,474 | C→A | 86.6% | intergenic (‑8/‑192) | yegI ← / → yegJ | protein kinase‑related putative non‑specific DNA‑binding protein/uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,144,474 | 0 | C | A | 86.6% | 655.3 / 92.3 | 242 | intergenic (‑8/‑192) | yegI/yegJ | protein kinase‑related putative non‑specific DNA‑binding protein/uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/18); new base A (86/123); total (101/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
CGGCGTGTGATAAATCTTGGCGACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTCGCGGGTAGTTATATTATATTTCAATGAATAATAACAACTAACCATTAAAATTATTTCTATATGGGGAAAACCCACTCAAGAATAAAAATGATAATGCAATTTTATCAGGATACAATTCAATTTCGGCCTGATAATGATTAACTTCCA > CP009273/2144329‑2144621 | cggcgTGTGATAAATCTTGGCGACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCgg < 2:3998680/150‑1 (MQ=255) ggcgTGTGATAAATCTTGGCGACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCggg > 2:1344646/1‑150 (MQ=255) cgTGTGATAAATCTTGGCGACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTa < 1:4394044/150‑1 (MQ=255) 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tCTTGGCGACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAGttatattata < 2:125924/150‑1 (MQ=255) cTTGGCGACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAGTtatattatat < 2:4173924/150‑1 (MQ=255) gACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAGTTATATTATATTTCAAt > 2:3012496/1‑150 (MQ=255) gACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAGTTATATTATATTTCAAt < 2:608493/150‑1 (MQ=255) gACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAGTTATATTATATTTCAAt > 2:2162957/1‑150 (MQ=255) gACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCGTTGCCCAGTTCACGGCCCAGAGTGGTCAATTCACCGGTCGATGTAAATACTTTTATATGTGTTTTCATAATAGTTAGCGGGTCGTTATATTATATTTCaag > 2:3386241/1‑149 (MQ=255) aCGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAGTTATATTATATTTCAATg < 2:3858897/150‑1 (MQ=255) aCGCTAACGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCATCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAGTTATATTATATTTCAATg < 2:3402016/150‑1 (MQ=255) cGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAGTTATATTATATTTCAATGa < 2:1387365/150‑1 (MQ=255) gCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAGTTATATTATATTTCAATGaa > 1:419267/1‑150 (MQ=255) 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cGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAGTTATATTATATTTCAATGAataata < 2:1003118/150‑1 (MQ=255) cGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAGTTATATTATATTTCAATGAataata < 1:3995757/150‑1 (MQ=255) cGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGACCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATTCTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTCGCGGGTAGTTATATTATATTTCAATGAataata < 2:1945629/150‑1 (MQ=255) gACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAGTTATATTATATTTCAATGAAtaataa > 2:1338087/1‑150 (MQ=255) gACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAGTTATATTATATTTCAATGAAtaataa > 2:1337672/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |