Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,264,143 | G→A | 87.5% | intergenic (+119/‑62) | mepS → / → rtn | murein DD‑endopeptidase, space‑maker hydrolase, mutational suppressor of prc thermosensitivity, outer membrane lipoprotein/resistance protein for phages lambda and N4, putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,264,143 | 0 | G | A | 87.5% | 706.6 / 78.8 | 243 | intergenic (+119/‑62) | mepS/rtn | murein DD‑endopeptidase, space‑maker hydrolase, mutational suppressor of prc thermosensitivity, outer membrane lipoprotein/resistance protein for phages lambda and N4, putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/15); new base A (83/129); total (99/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.21e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.13e-01 |
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
AGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTGCATTGTTGCAGGCGTAATGATTGCGATACTGGTGAGTTGCC > CP009273/2263997‑2264292 | aGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGGGTGGATGCAATCCCTGGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGGGCTTGTTTGTTTTCATTCATCAGAGACAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACtc > 2:2263227/1‑149 (MQ=255) cACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACtata > 1:3969271/1‑150 (MQ=255) cACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACtata > 2:4091363/1‑150 (MQ=255) aCGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAg < 1:2690318/150‑1 (MQ=255) aCGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAg < 2:176575/150‑1 (MQ=255) ccGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTcc < 1:2350910/150‑1 (MQ=255) cGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCg > 1:1567537/1‑150 (MQ=255) cGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCAGTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCg > 2:2704293/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |