| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,298,277 | T→C | 6.7% | intergenic (+405/+310) | eco → / ← mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,298,277 | 0 | T | C | 6.7% | 315.3 / 10.3 | 134 | intergenic (+405/+310) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (67/50); new base C (4/4); total (79/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
GATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCT > CP009273/2298130‑2298425 | gATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTcc > 1:3963770/1‑150 (MQ=37)gATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTcc > 1:1532043/1‑150 (MQ=37) caaGGCGGTCACGCCTCATCCGACATCTTACGCCCCAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTATTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTTCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGa < 2:1153907/149‑1 (MQ=11) aaGGCGGTTTCGCCGCATCCGACATCTTACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAg < 1:3097512/150‑1 (MQ=255) aaGGCGGTTACGCCGCTTCCGACATCTAACGCCCATGCCGGGTGCCTGATGCGACTCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTTGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAg < 1:3097581/150‑1 (MQ=11) ggCGGTTACGCCGCCTCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGcc < 1:2555112/150‑1 (MQ=37) gCGGTGACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCg < 1:3607931/150‑1 (MQ=255) cgccgcATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCAAACGACCGAGCCGGt > 1:639316/1‑145 (MQ=17) gccgccTCCGACATCTAACGCACAATCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGAGTCTTATCAGGACTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTg < 2:3136110/150‑1 (MQ=11) gccgcATCCGACATCAAACGCCCCCGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTg < 2:3136137/150‑1 (MQ=255) ccgcATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGa < 1:1841726/150‑1 (MQ=37) tAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGGGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTAGGTTACGGCGGTTACGCCGCATCCGACAGCGAACGGCCGAGCCGGTTGACTGATGCGACGCTGgcgc > 2:2060175/1‑150 (MQ=11) cGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTc > 1:1564517/1‑150 (MQ=37) 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cgccgcATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTCCGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCt > 2:1255643/1‑150 (MQ=17) gcATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATg < 1:1222135/150‑1 (MQ=32) gcATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGGCTTATCAGGCCAACACCGCTGGGAAGTTCTCCACCCCGGAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCAACCCACATCAAACGCCCCAGCCGGTTGCCAGagg > 1:4185779/1‑148 (MQ=11) cATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACCCCGCTGGGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCCACCGACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGc > 2:1601743/1‑150 (MQ=11) cATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCGGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGGTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGc > 2:1601874/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |