| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,319,347 | G→T | 12.2% | V371V (GTG→GTT) | atoE → | short chain fatty acid transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,319,347 | 0 | G | T | 12.2% | 1114.5 / 91.8 | 324 | V371V (GTG→GTT) | atoE | short chain fatty acid transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (177/107); new base T (26/14); total (203/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
CATTCCGGTCTGGGCGGACTCATTACCGAATTCTTCATCAATGTTGCGAACAAAGACACCTTCCCGGTAATGACCTTTTTTAGTTCTGCACTGATTAACTTCGCCGTTCCGTCTGGCGGCGGTCACTGGGTTATTCAGGGACCTTTCGTGATACCCGCAGCCCAGGCGCTGGGCGCTGATCTCGGTAAATCGGTAATGGCGATCGCCTACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGC > CP009273/2319198‑2319494 | ggTCTGGGCGGACTCATTACCGAATTCTTCATCAATGTTGCGAACAAAGACACCTTCCCGGTAATGACCTTTTTTAGTTCTGCACTGATTAACTTCGCCGTTCCGTCTGGCGGCGGTCACTGGGTTATTCAGGGACCTTTCGTGATAccc > 2:1790513/1‑150 (MQ=255) ggTCTGGGCGGACTCATTACCGAATTCTTCATCAATGTTGCGAACAAAGACACCTTCCCGGTAATGACCTTTTTTAGTTCTGCACTGATTAACTTCGCCGTTCCGTCTGGCGGCGGTCACTGGGTTATTCAGGGACCTTTCGTGATAccc > 2:2759869/1‑150 (MQ=255) ggACTCATTACCGAATTCTTCATCAATGTTGCGAACAAAGACACCTTCCCGGTAATGACCTTTTTTAGTTCTGCACTGATTAACTTCGCCGTTCCGTCTGGCGGCGGTCACTGGGTTATTCAGGGACCTTTCGTGATACCCGCAGCCCAg > 1:1663341/1‑150 (MQ=255) 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tCAGGGACCTTTCGTTATACCCGCAGCCCAGGCGCTGGGCGCTGATCTCGGTAAATCGGTAATGGCGATCGCCAACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCAATCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAAACGCCGGACACGGTGTCcg > 1:538866/1‑150 (MQ=255) gggACCTTTCGTTATACCCGCAGCCCAGGCGCTGGGCGCTGATCTCGGTAAATCGGTAATGGCGATCGCCTACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGa > 2:4045249/1‑150 (MQ=255) gggACCTTTCGTGATACCCGCAGCCCAGGCGCTGGGCGCTGATCTCGGTAAATCGGTAATGGCGATCGCCTACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGa > 2:489335/1‑150 (MQ=255) aCCTTTCGTTATACCCGCAGCCCAGGCGCTGGGCGCTGATCTCGGTAAATCGGTAATGGCGATCGCCTACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGAcat > 2:283905/1‑150 (MQ=255) ccTTTCGTGATACCCGCAGCCCAGGCGCTGGGCGCTGATCTCGGTAAATCGGTAATGGCGATCGCCTACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGAcatc < 1:1821053/150‑1 (MQ=255) 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cGTGATACCCGCAGCCCAGGCGCTGGGCGCTGATCTCGGTAAATCGGTAATGGCGATCGCCTACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATggg > 1:2990882/1‑150 (MQ=255) gTGATACCCGCAGCCCAGGCGCTGGGCGCTGATCTCGGTAAATCGGTAATGGCGATCGCCGACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCCTTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGc > 1:81552/1‑150 (MQ=255) | CATTCCGGTCTGGGCGGACTCATTACCGAATTCTTCATCAATGTTGCGAACAAAGACACCTTCCCGGTAATGACCTTTTTTAGTTCTGCACTGATTAACTTCGCCGTTCCGTCTGGCGGCGGTCACTGGGTTATTCAGGGACCTTTCGTGATACCCGCAGCCCAGGCGCTGGGCGCTGATCTCGGTAAATCGGTAATGGCGATCGCCTACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGC > CP009273/2319198‑2319494 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |