Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,399,210 | G→T | 87.8% | S304* (TCA→TAA) | lrhA ← | transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,399,210 | 0 | G | T | 87.8% | 647.8 / 73.1 | 233 | S304* (TCA→TAA) | lrhA | transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/18); new base T (110/93); total (122/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
GTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAGGTAGCGGCGGTAAG > CP009273/2399064‑2399356 | gTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAat < 2:2331483/150‑1 (MQ=255) tACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTGTTACACGATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGAGTACTCGATATCCCTTTCAATCAAACATAAatc > 1:2870128/1‑150 (MQ=255) aCGTTCTGCACTATGCGATGATGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAatca < 2:3939003/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |