| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,407,678 | T→A | 7.4% | S244T (TCT→ACT) | ackA → | acetate kinase A and propionate kinase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,407,678 | 0 | T | A | 7.4% | 1102.0 / 60.7 | 325 | S244T (TCT→ACT) | ackA | acetate kinase A and propionate kinase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (157/143); new base A (10/14); total (168/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
AAAAATGCTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGACAACTA > CP009273/2407530‑2407826 | aaaaaTGCTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTc > 1:667399/1‑150 (MQ=255) aaaTGCTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACCTCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCAGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTg < 2:4312011/150‑1 (MQ=255) tGCTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTg > 2:2994069/1‑150 (MQ=255) gCTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGa < 2:2828071/150‑1 (MQ=255) cTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGat < 1:687585/150‑1 (MQ=255) gAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGatat < 1:1906750/150‑1 (MQ=255) aaCATACCGTTATAAGAACTGAACATCATATCCTGCCAGCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCATCAAAGGTAAATGCGTTGAAAACTATATTGGCCTGACGCCTCTTGAATGTATTTTCATGTGTACCAGTTCTGGTGATATc < 2:3938257/150‑1 (MQ=255) aaCAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATc < 1:1396543/150‑1 (MQ=255) 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gACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGt > 2:2386733/1‑150 (MQ=255) aCCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTg > 1:138484/1‑150 (MQ=255) cccGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGAc > 1:3353327/1‑150 (MQ=255) cGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCa > 2:2709105/1‑150 (MQ=255) cGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCa > 1:1084548/1‑150 (MQ=255) aaGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACt > 2:2457338/1‑150 (MQ=255) cTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGc > 1:861231/1‑150 (MQ=255) ggTCATGGGTACCCGTTCTGGCGATATCGATCCGGCGATCTTCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTa < 2:1097972/150‑1 (MQ=255) tCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATg > 2:3573537/1‑150 (MQ=255) aTGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGtt < 2:2039641/150‑1 (MQ=255) 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cccGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGACa > 2:3846708/1‑150 (MQ=255) ttCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGACAACTa < 1:2994194/150‑1 (MQ=255) | AAAAATGCTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGACAACTA > CP009273/2407530‑2407826 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |