Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 234,994 | G→T | 24.1% | S77* (TCA→TAA) | ykfM ← | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 234,994 | 0 | G | T | 24.1% | 277.8 / 23.9 | 153 | S77* (TCA→TAA) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (68/42); new base T (17/26); total (85/68) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.82e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
CAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAA > CP009273/234847‑235143 | cAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATTAt > 1:2503782/1‑150 (MQ=255) ggggTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATGAttt > 1:940649/1‑150 (MQ=255) gTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttat < 1:2215902/150‑1 (MQ=255) 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aTTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCgtaagtaa < 1:656069/150‑1 (MQ=255) ttGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTaaa < 2:1986292/150‑1 (MQ=255) tGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTaaaa < 2:2478854/150‑1 (MQ=255) tGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTaaaa < 2:207283/150‑1 (MQ=255) gACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAAt > 2:265500/1‑150 (MQ=255) 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tATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAAt > 2:4347822/1‑150 (MQ=255) ttattaAAAATATAAGAGTTTGCTGTTTTTTTTTGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGATTGATTTTTTTATGTTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCa < 2:2896735/150‑1 (MQ=255) aGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAAATACAATAATAATTAAAAATTAAAAAGACAAGAAAACCAACCACAGAAACaaa > 1:3179650/1‑149 (MQ=255) aaaTATATGTGTTAGCTGTTTTGTTTGGTCTGTGGCTAAATTGACTCCCTTCTTTTTTTTTATTAAGATTTTTTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATTTTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATtct < 2:1552766/150‑1 (MQ=255) aaaTATATCTGTTAGCTGTTTTTTTTTGTCTGTGGATAAATTCACTACCTTCTTTTTTTTTATAAATAATTATTTTATTATCGAATTAAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATtct < 2:3833495/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |