Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,444,315 | C→A | 17.4% | E80D (GAG→GAT) | yfcQ ← | putative fimbrial‑like adhesin protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,444,315 | 0 | C | A | 17.4% | 852.7 / 126.0 | 290 | E80D (GAG→GAT) | yfcQ | putative fimbrial‑like adhesin protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (116/123); new base A (27/24); total (143/147) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
GCGTAAAATCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTACATCAGTTTCAATTGCTGCATCATTAAAACTGGTTTGTGTACCAGTCCAGGTGAGGGTCATCTCCCAATCTGGATGACGGGTCGTCGAGTCACAAGTGAGTTCATATGGCACCTCTTTACGACCATAGTTGCCGTTGATGTCGTCGATAATGAGATCGCGAAATTCGACTTCAATGGTTTTACCACCGCTGATGCTACAGGTTGGCGGTGA > CP009273/2444167‑2444464 | aaaaTCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTACATCAGTTTCAATTGCTGCATCATTAAAACTGGTTTGTGTACCAGTCCAGGTGAGGGTCATCTCCCa > 2:3918997/1‑150 (MQ=255) aaaaTCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTACATCAGTTTCAATTGCTGCATCATTAAAACTGGTTTGTGTACCAGTCCAGGTGAGGGTCATCTCCCa > 2:1441188/1‑150 (MQ=255) aaaaTCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTACATCAGTTTCAATTGCTGCATCATTAAAACTGGTTTGTGTACCAGTCCAGGTGAGGGTCATCTCCCa < 1:3736862/150‑1 (MQ=255) aTCAGTGGCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTACATCAGTTTCAATTGCTGCATCATTAAAACTGGTTTGTGTACCAGTCCAGGTGAGGGTCATCTCCCAATc < 2:3855090/150‑1 (MQ=255) tGGCGTTGATAGCACGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAACCCGGGTACATCAGTTTCAATTGCTGCATCATTAAAACTGGTTTGTGTACCAGTCCAGGTGAGGGTCATCTCCCAATCTGGAt < 1:2783030/150‑1 (MQ=255) ggCGTTGATAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTACATCAGTTTCAATTGCTGCATCATTAAAACTGGTTTGTGTACCAGTCCAGGTGAGGGTCATCTCCCAATCTGGATg < 2:1366679/150‑1 (MQ=255) aTAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTACATCAGTTTCAATTGCTGCATCATTAAAACTGGTTTGTGTACCAGTCCAGGTGAGGGTCATCTCCCAATCTGGATGACGGgtc < 2:2355787/150‑1 (MQ=255) aTAGCAAGCGGAGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTACATCAGTTTCAATTGCTGCATCATTAAAACTGGTTTGTGTACCAGTCCAGGTGAGGGTCATCTCCCAATCTGGATGACGGgtc < 2:2141915/150‑1 (MQ=255) 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aGTATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTACATCAGTTTCAATTGCTGCATCATTAAAACTGGTTTGTGTACCAGTCCAGGTGAGGGTCATCTCCCAATCTGGATGACGGGTCGTCGAGTcaca > 1:1631465/1‑150 (MQ=255) tATTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTACATCAGTTTCAATTGCTGCATCATTAAAACTGGTTTGTGTACCAGTCCAGGTGAGGGTCATCTCCCAATCTGGATGACGGGTCGTCGAGTCACAAg < 1:1494085/150‑1 (MQ=255) aTTGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTACATCAGTTTCAATTGCTGCATCATTAAAACTGGTTTGTGTACCAGTCCAGGTGAGGGTCATCTCCCAATCTGGATGACGGGTCGTCGAGTCACAAGt < 2:3393400/150‑1 (MQ=255) tGAGTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTACATCAGTTTCAATTGCTGCATCATTAAAACTGGTTTGTGTACCAGTCCAGGTGAGGGTCATCTCCCAATCTGGATGACGGGTCGTCGAGTCACAAGTGa < 2:419068/150‑1 (MQ=255) gTTTAAAACGCTGACCATCGTGCTGAAGCTCGATACCAAAACCGGGTACATCAGTTTCAATTGCTGCATCATTAAAACTGGTTTGTGTACCAGTCCAGGTGAGGGTCATCTCCCAATCTGGATGACGGGTCGTCGAGTCACAAGTGAGtt < 1:4059670/150‑1 (MQ=255) 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tgtgTACCAGTCCAGGTGAGGGTCATATCCCAATCTGGATGACGGGTCGTCGAGTCACAAGTGAGTTCATATGGCACCTCTTTACGACCATAGTTGCCGTTGATGTCGTCGATAATGAGATCGCGAAATTCGACTTCAATGGTTTTacca > 1:3194092/1‑150 (MQ=255) gtgtACCAGTCCAGGTGAGGGTCATCTCCCAATCTGGATGACGGGTCGTCGAGTCACAAGTGAGTTCATATGGCACCTCTTTACGACCATAGTTGCCGTTGATGTCGTCGATAATGAGATCGCGAAATTCGACTTCAATGGTTTTaccac < 1:4236855/150‑1 (MQ=255) gtgtACCAGTCCAGGTGAGGGTCATCTCCCAATCTGGATGACGGGTCGTCGAGTCACAAGTGAGTTCATATGGCACCTCTTTACGACCATAGTTGCCGTTGATGTCGTCGATAATGAGATCGCGAAATTCGACTTCAATGGTTTTaccac > 1:3004863/1‑150 (MQ=255) tgtACCAGTCCAGGTGAGGGTCATCTCCCAATCTGGATGACGGGTCGTCGAGTCACAAGTGAGTTCATATGGCACCTCTTTACGACCATAGTTGCCGTTGATGTCGTCGATAATGAGATCGCGAAATTCGACTTCAATGGTTTTaccacc > 1:3282596/1‑150 (MQ=255) tACCAGTCCAGGTGAGGGTCATCTCCCAATCTGGATGACGGGTCGTCGAGTCACAAGTGAGTTCATATGGCACCTCTTTACGACCATAGTTGCCGTTGATGTCGTCGATAATGAGATCGCGAAATTCGACTTCAATGGTTTTACCACCGc > 2:1745037/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |