| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,510,074 | C→A | 15.9% | R413L (CGA→CTA) | yfeA ← | putative diguanylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,510,074 | 0 | C | A | 15.9% | 861.5 / 113.5 | 283 | R413L (CGA→CTA) | yfeA | putative diguanylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (129/109); new base A (22/23); total (151/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
CCGCCAGCCAGCTTAACTGCCCCAACAAGGGTTGCAGGGTTTCCTGATTTCCATCAAAACGCCCCCAGGCAGCACCATAGCCCATATCCAGCCCGGTATTGTTCCAGTGAATTTGCCGACTATTCAGGATGTTAACCATATGCTGGAGTCGCCCTTCCGTTTCCGGCCCGCTCAGCACTAACAGCAGTTCACTACCCGGCAATTGATACAACTTTTCGTTTTCCTGCATCAACGGCAGCAGCGTACGGCAAATTGAGCGGATACAGTGAACGCGCATCATTAAGCCGTAATGACGACT > CP009273/2509925‑2510222 | ccGCCAGCCAGCTTAACTGCCCCAACAAGGGTTGCAGGGTTTCCTGATTTCCATCAAAACGCCCCCAGGCAGCACCATAGCCCATATCCAGCCCGGTATTGTTCCAGTGAATTTGCCGACTATTCAGGATGTTAACCATATGCTGGAGTc < 1:977889/150‑1 (MQ=255)ccGCCAGCCAGCTTAACTGCCCCAACAAGGGTTGCAGGGTTTCCTGATTTCCATCAAAACGCCCCCAGGCAGCACCATAGCCCATATCCAGCCCGGTATTGTTCCAGTGAATTTGCCGACTATTCAGGATGTTAACCATATGCTGGAGTc < 1:176861/150‑1 (MQ=255)ccGCCAGCCAGCTTAACTGCCCCAACAAGGGTTGCAGGGTTTCCTGATTTCCATCAAAACGCCCCCAGGCAGCACCATAGCCCATATCCAGCCCGGTATTGTTCCAGTGAATTTGCCGACTATTCAGGATGTTAACCATATGCTGGAGTc < 1:1548139/150‑1 (MQ=255) 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aaCTGCCCCAACAAGGGTTGCAGGGTTTCCTGATTTCCATCAAAACGCCCCCAGGCAGCACCATAGCCCATATCCAGCCCGGTATTGTTCCAGTGAATTTGCCGACTATTCAGGATGTTAACCATATGCTGGAGTCGCCCTTCCGTTTcc > 1:2394468/1‑150 (MQ=255) aaCTGCCCCAACAAGGGTTGCAGGGTTTCCTGATTTCCATCAAAACGCCCCCAGGCAGCACCATAGCCCATATCCAGCCCGGTATTGTTCCAGTGAATTTGCCGACTATTCAGGATGTTAACCATATGCTGGAGTCGCCCTTCCGTTTcc < 2:1239234/150‑1 (MQ=255) aCTGCCCCAACAAGGGTTGCAGGGTTTCCTGATTTCCATCAAAACGCCCCCAGGCAGCACCATAGCCCATATCCAGCCCGGTATTGTTCCAGTGAATTTGCCGACTATTCAGGATGTTAACCATATGCTGGAGTCGCCCTTCCGTTTCCg < 2:312589/150‑1 (MQ=255) aaGGGTTGCAGGGTTTCCTGATTTCCATCAAAACGCCCCCAGGCAGCACCATAGCCCATATCCAGCCCGGTATTGTTCCAGTGAATTTGCCGACTATTCAGGATGTTAACCATATGCTGGAGTCGCCCTTCCGTTTCCGGCCCGCTCAGc > 1:598411/1‑150 (MQ=255) aaGGGTTGCAGGGTTTCCTGATTTCCATCAAAACGCCCCCAGGCAGCACCATAGCCCATATCCAGCCCGGTATTGTTCCAGTGAATTTGCCGACTATTCAGGATGTTAACCATATGCTGGAGTCGCCCTTCCGTTTCCGGCCCGCTCAGc > 2:518072/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |