Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,816,762 | C→A | 12.9% | G123C (GGC→TGC) | recA ← | DNA recombination and repair protein; ssDNA‑dependent ATPase; synaptase; ssDNA and dsDNA binding protein forming filaments; ATP‑dependent homologous DNA strand exchanger; recombinase A; LexA autocleavage cofactor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,816,762 | 0 | C | A | 12.9% | 1142.7 / 105.8 | 337 | G123C (GGC→TGC) | recA | DNA recombination and repair protein; ssDNA‑dependent ATPase; synaptase; ssDNA and dsDNA binding protein forming filaments; ATP‑dependent homologous DNA strand exchanger; recombinase A; LexA autocleavage cofactor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (158/135); new base A (25/19); total (183/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 347 total aligned reads displayed.
ATCATACGTGCCGCAAGGCCCATGTGAGAGTCGCCGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATCGACGCCCAGTTTACGTGCGTAGATTGGGTCCAGCGCGTGTTCAGCATCGATAAACGCACAGGTTTTACCTTCACGCTGCGCTGCGGCGATCACCTGCAGCGTCAGCGTGGTTT > CP009273/2816614‑2816911 | atcatACGTGCCGCAAGGCCCATGTGAGAGTCGCCGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCg > 2:682159/1‑150 (MQ=255) cGTGCCGCAAGGCCCATGTGAGAGTCGCCGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTcc > 1:1327939/1‑150 (MQ=255) cGTGCCGCAAGGCCCATGTGAGAGTCGCCGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTcc > 1:3152668/1‑150 (MQ=255) cGTGCCGCAAGGCCCATGTGAGAGTCGCCGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGAGTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTcc > 2:1713831/1‑150 (MQ=255) gCAAGGCCCATGTGAGAGTCGCCGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTgg > 1:4502964/1‑150 (MQ=255) cAAGGCCCATGTGAGAGTCGCCGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTggg > 1:123664/1‑150 (MQ=255) aGGCCCATGTGAGAGTCGCCGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAg < 1:3354509/150‑1 (MQ=255) cccATGTGAGAGTCGCCGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGcac > 1:3905635/1‑150 (MQ=255) ccATGTGAGAGTCGCCGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGcaca > 1:615660/1‑150 (MQ=255) cATGTGAGAGTCGCCGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCAcag > 1:3707317/1‑150 (MQ=255) gtgAGAGTCGCCGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCAcagcag < 1:4165188/150‑1 (MQ=255) tgAGAGTCGCCGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCAGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAgg > 1:525882/1‑150 (MQ=255) agagTCGCCGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGtt > 2:1420431/1‑150 (MQ=255) agagTCGCCGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGtt < 1:2663596/150‑1 (MQ=255) agagTCGCCGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGtt < 2:2051475/150‑1 (MQ=255) agagTCGCCGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGtt < 2:602099/150‑1 (MQ=255) agTCGCCGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGTGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGt > 1:779043/1‑150 (MQ=255) agTCGCCGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGt > 1:2217201/1‑150 (MQ=255) 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cGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGatat < 2:3317689/150‑1 (MQ=255) cGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGatat < 2:3757137/150‑1 (MQ=255) gATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATc > 1:1180479/1‑150 (MQ=255) aTTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATCg < 2:2972839/150‑1 (MQ=255) tCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATCGACg > 2:934877/1‑150 (MQ=255) 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tCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATCGACGCCCAGTTTACGTGCGTAGATTGGGTCCAGCGCGTGTTCAGCATCGATAAACGCACAGGTTTTACCTTCACGCTGCGCTgcggcg > 1:75395/1‑150 (MQ=255) caGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATCGACGCCCAGTTTACGTGCGTAGATTGGGTCCAGCGCGTGTTCAGCATCGATAAACGCACAGGTTTTACCTTCACGCTGCGCTGCGGCGATc > 2:2805177/1‑150 (MQ=255) gATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATCGACGCCCAGTTTACGTGCGTAGATTGGGTCCAGCGCGTGTTCAGCATCGATAAACGCACAGGTTTTACCTTCACGCTGCGCTGCGGCGATCAc > 1:850688/1‑150 (MQ=255) gATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATCGACGCCCAGTTTACGTGCGTAGATTGGGTCCAGCGCGTGTTCAGCATCGATAAACGCACAGGTTTTACCTTCACGCTGCGCTGCGGCGATCAc > 2:2436315/1‑150 (MQ=255) aTTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATCGACGCCCAGTTTACGTGCGTAGATTGGGTCCAGCGCGTGTTCAGCATCGATAAACGCACAGGTTTTACCTTCACGCTGCGCTGCGGCGATCAcc > 2:4529446/1‑150 (MQ=255) aTTTCCAGTGCCTGCTCGCAGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATCGACGCCCAGTTTACGTGCGTAGATTGGGTCCAGCGCGTGTTCAGCATCGATAAACGCACAGGTTTTACCTTCACGCTGCGCTGCGGCGATCAcc > 1:1739004/1‑150 (MQ=255) tttCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATCGACGCCCAGTTTACGTGCGTAGATTGGGTCCAGCGCGTGTTCAGCATCGATAAACGCACAGGTTTTACCTTCACGCTGCGCTGCGGCGATCACCt < 1:4394342/150‑1 (MQ=255) tttCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATCGACGCCCAGTTTACGTGCGTAGATTGGGTCCAGCGCGTGTTCAGCATCGATAAACGCACAGGTTTTACCTTCACGCTGCGCTGCGGCGATCACCt < 1:1430937/150‑1 (MQ=255) cAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATCGACGCCCAGTTTACGTGCGTAGATTGGGTCCAGCGCGTGTTCAGCATCGATAAACGCACAGGTTTTACCTTCACGCTGCGCTGCGGCGATCACCTGcag < 1:992760/150‑1 (MQ=255) aGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATCGACGCCCAGTTTACGTGCGTAGATTGGGTCCAGCGCGTGTTCAGCATCGATAAACGCACAGGTTTTACCTTCACGCTGCGCTGCGGCGATCACCTGcagc < 1:34112/150‑1 (MQ=255) 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ccGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATCGACGCCCAGTTTACGTGCGTAGATTGGGTCCAGCGCGTGTTCAGCATCGATAAACGCACAGGTATTACCTTCACGCTGCGCTGCGGCGATCACCTGCAGCGTCAGCGTGGtt < 2:3636678/150‑1 (MQ=255) cGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATCGACGCCCAGTTTACGTGCGTAGATTGGGTCCAGCGCGTGTTCAGCATCGATAAACGCACAGGTTTTACCTTCACGCTGCGCTGCGGCGATCACCTGCAGCGTCAGCGTGGttt < 2:4017528/150‑1 (MQ=255) | ATCATACGTGCCGCAAGGCCCATGTGAGAGTCGCCGATTTCGCCTTCGATTTCCGCTTTCGGCGTCAGTGCCGCCACGGAGTCAACGACGATAACGTCTACTGCGCCAGAACGCGCCAGGGCGTCACAGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATCGACGCCCAGTTTACGTGCGTAGATTGGGTCCAGCGCGTGTTCAGCATCGATAAACGCACAGGTTTTACCTTCACGCTGCGCTGCGGCGATCACCTGCAGCGTCAGCGTGGTTT > CP009273/2816614‑2816911 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |