| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,879,449 | G→T | 77.5% | S377* (TCA→TAA) | ygcB ← | R‑loop helicase‑annealase Cas3 needed for Cascade anti‑viral activity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,879,449 | 0 | G | T | 77.5% | 505.0 / 194.9 | 262 | S377* (TCA→TAA) | ygcB | R‑loop helicase‑annealase Cas3 needed for Cascade anti‑viral activity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/34); new base T (95/108); total (120/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
TGATCAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCAATAAGTTTCCAAGCA > CP009273/2879302‑2879598 | cAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGc < 2:489772/150‑1 (MQ=255) cAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGc < 1:1511435/150‑1 (MQ=255) tCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCAt < 1:1305253/150‑1 (MQ=255) cGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATg < 1:4312436/150‑1 (MQ=255) gTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTCATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACAGTTAATTGCCATGa > 2:1818268/1‑150 (MQ=255) aaCGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAg > 2:1479687/1‑150 (MQ=255) gCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAAt > 2:345239/1‑150 (MQ=255) gCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAAt < 1:4289161/150‑1 (MQ=255) cGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATaa < 2:2069581/150‑1 (MQ=255) gATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAg > 2:2462510/1‑150 (MQ=255) aTTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGa > 2:1059666/1‑150 (MQ=255) tttGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGGGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGAt < 1:2559943/150‑1 (MQ=255) ttGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGAtt > 2:4289084/1‑150 (MQ=255) ttGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGAtt < 2:1026242/150‑1 (MQ=255) gCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTg < 2:399128/150‑1 (MQ=255) cccAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCCTGAGCAAGAATAAGATTTgg > 1:2114549/1‑150 (MQ=255) cAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTgggg > 2:2849861/1‑150 (MQ=255) aaGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGa < 2:4066275/150‑1 (MQ=255) aGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGAt < 1:2883637/150‑1 (MQ=255) aGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGAt < 2:2043887/150‑1 (MQ=255) aGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGGGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGAt < 1:1132996/150‑1 (MQ=255) acacTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑aaa < 1:4255361/150‑1 (MQ=255) cacTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTCATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑aaaa > 2:1352262/1‑150 (MQ=255) cTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATa > 2:1963183/1‑150 (MQ=255) cTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATa > 2:4239767/1‑150 (MQ=255) tttCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATaa < 1:3226913/150‑1 (MQ=255) tCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGt < 1:3001141/150‑1 (MQ=255) tagtGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGgc < 2:3737455/147‑1 (MQ=255) aTTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGgct > 1:2933/1‑150 (MQ=255) aTTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGgct > 2:2106650/1‑150 (MQ=255) aTTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGAGTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGgct > 1:905093/1‑150 (MQ=255) ttGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGgctc > 2:3904041/1‑150 (MQ=255) ttGCGTTGTGACAACCACAGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCATTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATCAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGgctc > 2:3642849/1‑150 (MQ=255) tGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGgctcg > 1:182031/1‑150 (MQ=255) cTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGgctcgcg < 2:1158477/150‑1 (MQ=255) ttGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGgctcgcgct < 1:1010767/150‑1 (MQ=255) tgtgACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGgctcgcgctc < 1:2650775/150‑1 (MQ=255) aCCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGGGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCa < 1:3146561/150‑1 (MQ=255) ccACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCAt < 1:2492633/150‑1 (MQ=255) ccACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTCGTTAAACCGTTAAGTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCAt < 1:2493063/150‑1 (MQ=255) aCTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATtc < 2:1107126/150‑1 (MQ=255) acaacaCTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGt > 2:332554/1‑150 (MQ=255) acacTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAag < 1:3330924/150‑1 (MQ=255) cTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCTGTAATCGCGCGTGATTTTATTGTTTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCTAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAagcat < 1:2227360/150‑1 (MQ=255) cTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTACTCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAagcat > 1:2184393/1‑150 (MQ=255) cTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAagcat > 1:1845097/1‑150 (MQ=255) tGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAagcata > 1:2699933/1‑150 (MQ=255) gAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAagcata > 2:1329503/1‑150 (MQ=255) aCCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAagcatagca < 2:600004/150‑1 (MQ=255) ccACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCAtt < 2:854670/150‑1 (MQ=255) cACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTc > 2:4454359/1‑150 (MQ=255) aCGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTcg < 2:227599/150‑1 (MQ=255) cGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑TAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTcgc < 1:2792220/150‑1 (MQ=255) gCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCTCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTcgcg < 2:4268896/150‑1 (MQ=255) gCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTcgcg > 2:721137/1‑150 (MQ=255) cttcttGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAATCATAGCATTCGCGGTAg > 1:2434764/1‑150 (MQ=255) cttcttGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAg < 1:3807161/150‑1 (MQ=255) cttcttGCCCCTGTTAAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGACATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTAGCGGTAg < 2:1821778/150‑1 (MQ=255) cccTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGtt > 1:1350224/1‑150 (MQ=255) ccTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTg < 2:4303725/150‑1 (MQ=255) cTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTgg < 1:2294452/150‑1 (MQ=255) gTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGa > 2:1506851/1‑150 (MQ=255) ttCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAg < 1:139352/150‑1 (MQ=255) cAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAggg < 1:4128855/150‑1 (MQ=255) aGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGTCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTAGTTTTGGGAGGGc > 2:4125459/1‑150 (MQ=255) gTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCACTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCa > 2:2411915/1‑150 (MQ=255) tAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCaa < 1:2682804/150‑1 (MQ=255) aaTCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCaaa > 2:2172728/1‑150 (MQ=255) tCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCaaaaa > 2:3869951/1‑150 (MQ=255) cgcgcgTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAAt > 1:1146340/1‑150 (MQ=255) gcgcgTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATa < 2:630185/150‑1 (MQ=255) cgcgTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATaa > 2:1640468/1‑150 (MQ=255) gcgTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAac < 2:300577/150‑1 (MQ=255) gTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAacac < 2:1009685/150‑1 (MQ=255) tGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACt < 1:350405/150‑1 (MQ=255) aTTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTAt > 1:558144/1‑150 (MQ=255) ttttATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGATTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATc < 1:3904041/150‑1 (MQ=255) tttATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATcc < 1:3683560/150‑1 (MQ=255) attgattgAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCa > 1:3568593/1‑150 (MQ=255) attgaAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAAttt > 1:3289761/1‑150 (MQ=255) attgaAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAAttt < 1:813088/150‑1 (MQ=255) attgaAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAAttt < 2:2342482/150‑1 (MQ=255) tgaAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATttgt < 1:2365667/150‑1 (MQ=255) aaGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGa > 2:2726367/1‑150 (MQ=255) gagGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATc > 2:3680982/1‑150 (MQ=255) gagGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATc < 1:1352262/150‑1 (MQ=255) agGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCa < 2:903434/150‑1 (MQ=255) ggtggtTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCaa > 2:3563304/1‑150 (MQ=255) gtggtTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCAAt > 2:1686100/1‑150 (MQ=255) tggtTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCAATa > 2:4330653/1‑150 (MQ=255) tggtTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCAATa < 2:1235524/150‑1 (MQ=255) tggtTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCAATa < 2:636498/150‑1 (MQ=255) tggtTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCGTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCACTTTGTTGATCAATa > 2:3955315/1‑150 (MQ=255) ggtTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCGTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCAATaa > 1:3407244/1‑150 (MQ=255) gtTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCAATAAg > 2:2859225/1‑150 (MQ=255) gtTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCAATAAg < 1:1695761/150‑1 (MQ=255) ttAAACCGTTAATTTCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATCAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCAATAAGt > 1:599109/1‑150 (MQ=255) aaaCCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCAATAAGttt > 1:729733/1‑150 (MQ=255) aaaCCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCAATAAGttt < 1:1059666/150‑1 (MQ=255) cGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCAATAAGTTTCCaa > 1:393589/1‑150 (MQ=255) | TGATCAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATG‑AAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCAATAAGTTTCCAAGCA > CP009273/2879302‑2879598 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |