| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,048,037 | C→A | 15.9% | G55C (GGC→TGC) | pepP ← | proline aminopeptidase P II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,048,037 | 0 | C | A | 15.9% | 1000.0 / 124.0 | 321 | G55C (GGC→TGC) | pepP | proline aminopeptidase P II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (147/122); new base A (31/21); total (178/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
GCCCAGTTTCTCTGGCGCGGCATCCTGGCCTAAGCGACGGCCAAACCAGATCTCCGCCGTCAGGTCGCGAACGCGGTTAAACAGAACGCTGTGGTTATGAGTGTCATCGCTTTTAATCAGCACCAGCACCGCTTCCGGTTCGTTAAAGCCGGTGAAGTACCAGAAGTCACTGTTCTGACGATAGGGGTATTCGCTGTCGGCGCTACGTGTTACTTCTGGTGCAGCAAAAATCAGCGCGGCGCTGCCGGGTTGCATTTGCTCCACCAGGGCCTGACGGCGACGCTGAAACTCTTGCCGGG > CP009273/3047888‑3048186 | gCCCAGTTTCTCTGGCGCGGCATCCTGGCCTAAGCGACGGCCAAACCAGATCTCCGCCGTCAGGTCGCGAACGCGGTTAAACAGAACGCTGTGGTTATGAGTGTCATCGCTTTTAATCAGCACCAGCACCGCTTCCGGTTCGTTAAAGcc < 2:3461801/150‑1 (MQ=255)gCCCAGTTTCTCTGGCGCGGCATCCTGGCCTAAGCGACGGCCAAACCAGATCTCCGCCGTCAGGTCGCGAACGCGGTTAAACAGAACGCTGTGGTTATGAGTGTCATCGCTTTTAATCAGCACCAGCACCGCTTCCGGTTCGTTAAAGcc < 1:4152042/150‑1 (MQ=255) cAGTTTCTCTGGCGCGGCATCCTGGCCTAAGCGACGGCCAAACCAGATCTCCGCCGTCAGGTCGCGAACGCGGTTAAACAGAACGCTGTGGTTATGAGTGTCATCGCTTTTAATCAGCACCAGCACCGCTTCCGGTTCGTTAAAGCCGGt < 2:3659053/150‑1 (MQ=255) 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ctGGCGCGGCATCCTGGCCTAAGCGACGGCCAAACCAGATCTCCGCCGTCAGGTCGCGAACGCGGTTAAACAGAACGCTGTGGTTATGAGTGTCATCGCTTTTAATCAGCACCAGCACCGCTTCCGGTTCGTTAAAGCAGGTGAAGTAcc > 2:2290459/1‑150 (MQ=255) ggCATCCTGGCCTAAGCGACGGCCAAACCAGATCTCCGCCGTCAGGTCGCGAACGCGGTTAAACAGAACGCTGTGGTTATGAGTGTCATCGCTTTTAATCAGCACCAGCACCGCTTCCGGTTCGTTAAAGCCGGTGAAGTACCAGAAGTc > 1:974864/1‑150 (MQ=255) ggCATCCTGGCCTAAGCGACGGCCAAACCAGATCTCCGCCGTCAGGTCGCGAACGCGGTTAAACAGAACGCTGTGGTTATGAGTGTCATCGCTTTTAATCAGCACCAGCACCGCTTCCGGTTCGTTAAAGCCGGTGAAGTACCAGAAGTc < 2:1286556/150‑1 (MQ=255) gCATCCTGGCCTAAGCGACGGCCAAACCAGATCTCCGCCGTCAGGTCGCGAACGCGGTTAAACAGAACGCTGTGGTTATGAGTGTCATCGCTTTTAATCAGCACCAGCACCGCTTCCGGTTCGTTAAAGCCGGTGAAGTACCAGAAGTCa < 1:2127459/150‑1 (MQ=255) cATCCTGGCCTAAGCGACGGCCAAACCAGATCTCCGCCGTCAGGTCGCGAACGCGGTTAAACAGAACGCTGTGGTTATGAGTGTCATCGCTTTTAATCAGCACCAGCACCGCTTCCGGTTCGTTAATGCCGGTGAAGTACCAGAAGTCAc > 1:2669026/1‑150 (MQ=255) 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ccgTCAGGTCGCGAACGCGGTTAAACAGAACGCTGTGGTTATGAGTGTCATCGCTTTTAATCAGCACCAGCACCGCTTCCGGTTCGTTAAAGCCGGTGAAGTACCAGAAGTCACTGTTCTGACGATAGGGGTATTCGCTGTCGGCGCTAc > 2:2556900/1‑150 (MQ=255) cgTCAGGTCGCGAACGCGGTTAAACAGAACGCTGTGGTTATGAGTGTCATCGCTTTTAATCAGCACCAGCACCGCTTCCGGTTCGTTAAAGCCGGTGAAGTACCAGAAGTCACTGTTCTGACGATAGGGGTATTCGCTGTCGGCGCTACg > 1:3515685/1‑150 (MQ=255) gTCAGGTCGCGAACGCGGTTAAACAGAACGCTGTGGTTATGAGTGTCATCGCTTTTAATCAGCACCAGCACCGCTTCCGGTTCGTTAAAGCCGGTGAAGTACCAGAAGTCACTGTTCTGACGATAGGGGTATTCGCTGTCGGCGCTACgg > 2:1154889/1‑149 (MQ=255) cgAACGCGGTTAAACAGAACGCTGTGGTTATGAGTGTCATCGCTTTTAATCAGCACCAGCACCGCTTCCGGTTCGTTAAAGCCGGTGAAGTACCAGAAGTCACTGTTCTGACGATAGGGGTATTCGCTGTCGGCGCTACGTGTTACTTCt < 2:628764/150‑1 (MQ=255) gAACGCGGTTAAACAGAACGCTGTGGTTATGAGTGTCATCGCTTTTAATCAGCACCAGCACCGCTTCCGGTTCGTTAAAGCAGGTGAAGTACCAGAAGTCACTGTTCTGACGATAGGGGTATTCGCTGTCGGCGCTACGTGTTACTTCTg > 1:1824797/1‑150 (MQ=255) 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gTTCGTTAAAGCCGGTGAAGTACCAGAAGTCACTGTTCTGACGATAGGGGTATTCGCTGTCGGCGCTACGTGTTACTTCTGGTGCAGCAAAAATCAGCGCGGCGCTGCCGGGTTGCATTTGCTCCACCAGGGCCTGACGGCGACGCTGaa > 2:1327843/1‑150 (MQ=255) gTTCGTTAAAGCCGGTGAAGTACCAGAAGTCACTGTTCTGACGATAGGGGTATTCGCTGTCGGCGCTACGTGTTACTTCTGGTGCAGCAAAAATCAGCGCGGCGCTGCCGGGTTGCATTTGCTCCACCAGGGCCTGACGGCGACGCTGaa > 2:815875/1‑150 (MQ=255) cGTTAAAGCCGGTGAAGTACCAGAAGTCACTGTTCTGACGATAGGGGTATTCGCTGTCGGCGCTACGTGTTACTTCTGGTGCAGCAAAAATCAGCGCGGCGCTGCCGGGTTGCATTTGCTCCACCAGGGCCTGACGGCGACGCTGAAAct > 2:2420390/1‑150 (MQ=255) cGTTAAAGCCGGTGAAGTACCAGAAGTCACTGTTCTGACGATAGGGGTATTCGCTGTCGGCGCTACGTGTTACTTCTGGTGCAGCAAAAATCAGCGCGGCGCTGCCGGGTTGCATTTGCTCCACCAGGGCCTGACGGCGACGCTGAAAct < 2:2167472/150‑1 (MQ=255) cGTTAAAGCCGGTGAAGTACCAGAAGTCACTGTTCTGACGATAGGGGTATTCGCTGTCGGCGCTACGTGTTACTTCTGGTGCAGCAAAAATCAGCGCGGCGCTGCCGGGTTGCATTTGCTCCACCAGGGCCTGACGGCGACGCTGAAAct < 1:1335282/150‑1 (MQ=255) 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cGGTGAAGTACCAGAAGTCACTGTTCTGACGATAGGGGTATTCGCTGTCGGCGCTACGTGTTACTTCTGGTGCAGCAAAAATCAGCGCGGCGCTGCCGGGTTGCATTTGCTCCACCAGGGCCTGACGGCGACGCTGAAACTCTTGCCggg > 1:2757927/1‑150 (MQ=255) cGGTGAAGTACCAGAAGTCACTGTTCTGACGATAGGGGTATTCGCTGTCGGCGCTACGTGTTACTTCTGGTGCAGCAAAAATCAGCGCGGCGCTGCCGGGTTGCATTTGCTCCACCAGGGCCTGACGGCGACGCTGAAACTCTTGCCggg < 2:1502205/150‑1 (MQ=255) | GCCCAGTTTCTCTGGCGCGGCATCCTGGCCTAAGCGACGGCCAAACCAGATCTCCGCCGTCAGGTCGCGAACGCGGTTAAACAGAACGCTGTGGTTATGAGTGTCATCGCTTTTAATCAGCACCAGCACCGCTTCCGGTTCGTTAAAGCCGGTGAAGTACCAGAAGTCACTGTTCTGACGATAGGGGTATTCGCTGTCGGCGCTACGTGTTACTTCTGGTGCAGCAAAAATCAGCGCGGCGCTGCCGGGTTGCATTTGCTCCACCAGGGCCTGACGGCGACGCTGAAACTCTTGCCGGG > CP009273/3047888‑3048186 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |