| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,067,329 | A→G | 10.2% | intergenic (‑279/+6) | epd ← / ← yggC | D‑erythrose 4‑phosphate dehydrogenase/putative PanK family P‑loop kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,067,329 | 0 | A | G | 10.2% | 890.6 / 72.9 | 284 | intergenic (‑279/+6) | epd/yggC | D‑erythrose 4‑phosphate dehydrogenase/putative PanK family P‑loop kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (136/119); new base G (19/10); total (155/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
CTTCAGCTAGGATAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGC > CP009273/3067181‑3067478 | aGCTAGGATAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTg < 2:2168258/150‑1 (MQ=255) aGCTAGGATAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTg > 1:4217740/1‑150 (MQ=255) gCTAGGATAAGCTAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGt < 1:3751786/150‑1 (MQ=255) 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aTAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTccc < 1:3928187/150‑1 (MQ=255) tAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCg < 1:2648178/150‑1 (MQ=255) | CTTCAGCTAGGATAAGCGAAACGTGGAATAAAAGGAATGTTTGTCCAGCCGAAGAAGACATTTATCTGACTCACATCACACTTTTATCCCCTTTTGTGGGAAGCTTTATTCCAGGCTGGCGTAATAATAACCCTACAATAACTGGAATAAATTGTCAGCTTGTGAAGTGATACCGGCCTTCTTCAGTCATCTCTACTATCAGATTGGCCTGACGGCTATTCATCAGCACACGCTCGACATTGGGGCCATCGGTGCGGGCATAAAATGCTTCGGCTACTTGCCGCGTTAATCCTCCCGC > CP009273/3067181‑3067478 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |