| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,183,817 | C→A | 6.1% | T193K (ACG→AAG) | yqiH → | putative periplasmic pilin chaperone |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,183,817 | 0 | C | A | 6.1% | 760.0 / 19.6 | 201 | T193K (ACG→AAG) | yqiH | putative periplasmic pilin chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (86/102); new base A (6/7); total (92/109) | |||||||||||
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
CATTGAATTAGAAGACGATGGGGTAATGACTTACGAAAAAGTTGAAATCATTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACGCAAAGCTTAATGGTAACCCCTTTTAGCTATGCAAATACGCAGTTTAAAAATGTTCCGTCAACTTTTCAGGTGGGTTATATCAATGACTTTGGTGGATTAAGTTTTTATGAAATAAACTGCCCTGTAGTAAATAACATTTGTAATATTT > CP009273/3183668‑3183966 | cATTGAATTAGAAGACGATGGGGTAATGACTTACGAAAAAGTTGAAATCATTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAAc > 1:4266393/1‑150 (MQ=255)cATTGAATTAGAAGACGATGGGGTAATGACTTACGAAAAAGTTGAAATCATTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAAc < 2:4017682/150‑1 (MQ=255) aTTGAATTAGAAGACGATGGGGTAATGACTTACGAAAAAGTTGAAATCATTCGTAGAAATGACGGTTCGATCCGCTTTAACAATAAGATGCCTTATCACGTTACGCTGGGTTATATCGGAACAAATGGGGTAACGATGTTACCACAAACg > 1:4051078/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |