| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,201,433 | C→A | 19.8% | I17I (ATC→ATA) | ttdT → | L‑tartrate/succinate antiporte |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,201,433 | 0 | C | A | 19.8% | 735.9 / 133.9 | 265 | I17I (ATC→ATA) | ttdT | L‑tartrate/succinate antiporte |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (114/98); new base A (24/29); total (138/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
CCGCGATCCCATCGTGGAAGAGATCTGCGAGCACGTCCATTACATCAAATAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGGCATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGATGGTGGGTATATCCATCATCGCCAT > CP009273/3201284‑3201582 | cgcgATCCCATCGTGGAAGAGATCTGCGAGCACGTCCATTACATCAAATAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGGCATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCg < 2:2141943/150‑1 (MQ=255) gATCCCATCGTGGAAGAGATCTGCGAGCACGTCCATTACATCAAATAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGGCATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCa > 1:3490640/1‑150 (MQ=255) aTCCCATCGTGGAAGAGATCTGCGAGCACGTCCATTACATCAAATAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGGCATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCat > 1:3851220/1‑150 (MQ=255) 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cATCGTGGAAGAGATCTGCGAGCACGTCCATTACATCAAATAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGGCATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCctgatt > 2:870075/1‑150 (MQ=255) tGGAAGAGATCTGCGAGCACGTCCATTACATCAAATAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGGCATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGctct < 1:3147746/150‑1 (MQ=255) aaGAGATCTGCGAGCACGTCCATTACATCAAATAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGACATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACt > 1:2062266/1‑150 (MQ=255) agagATCTGCGAGCACGTCCATTACATCAAATAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGGCATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACtt > 1:1589941/1‑150 (MQ=255) agagATCTGCGAGCACGTCCATTACATCAAATAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGGCATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATAGCCATTATTGCTCTACtt > 1:1236313/1‑150 (MQ=255) gaTCTGCGAGCACGTCCATTACATCAAATAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGGCATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCg < 2:365529/150‑1 (MQ=255) gaTCTGCGAGCACGTCCATTACATCAAATAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGGCATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATAGCCATTATTGCTCTACTTCCg < 1:3769745/150‑1 (MQ=255) tCTGCGAGCACGTCCATTACATCAAATAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGGCATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATAGCCATTATTGCTCTACTTCCGGt > 2:3623216/1‑150 (MQ=255) tCTGCGAGCACGTCCATTACATCAAATAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGGCATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATAGCCATTATTGCTCTACTTCCGGt > 2:3136079/1‑150 (MQ=255) cGAGCACGTCCATTACATCAAATAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGGCATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTccc < 2:1239129/150‑1 (MQ=255) 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tatCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGAtg > 1:1481442/1‑150 (MQ=255) atCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCATTAGTGCTCTACTTCCGGGTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGAtgg < 2:4166225/150‑1 (MQ=255) tCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGAtggt < 2:1264435/150‑1 (MQ=255) cTTGCGCCGCTGGCGGTCATAGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGAtggtg < 1:422425/150‑1 (MQ=255) tGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGATGGTggg > 2:3898333/1‑150 (MQ=255) tGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGATGGTggg > 2:1054463/1‑150 (MQ=255) tGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGATGGTggg > 2:2523168/1‑150 (MQ=255) cgccgcTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGCTGGTGGGta > 1:3113599/1‑150 (MQ=255) cgccgcTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGATGGTGGGta < 2:2344718/150‑1 (MQ=255) cTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGATGGTGGGTATATcc > 1:2399420/1‑150 (MQ=255) 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cGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGATGGTGGGTATATCCATCATCGCCAt > 2:261774/1‑150 (MQ=255) cGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGATGGTGGGTATATCCATCAACGCCAt > 2:3010114/1‑150 (MQ=255) | CCGCGATCCCATCGTGGAAGAGATCTGCGAGCACGTCCATTACATCAAATAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGGCATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGATGGTGGGTATATCCATCATCGCCAT > CP009273/3201284‑3201582 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |