| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,231,558 | C→A | 14.2% | H297N (CAT→AAT) | ygjR → | putative NAD(P)‑dependent dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,231,558 | 0 | C | A | 14.2% | 874.8 / 87.9 | 268 | H297N (CAT→AAT) | ygjR | putative NAD(P)‑dependent dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (110/119); new base A (19/20); total (129/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
TGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCCGCAGCATATTAATACCATGCTCTACGAAGCAGAGCTGTTCGCTACCCTGGTGGATGAGCATCTGGTGGATCATCCAGGGCTGGCGGTCAGTCGCATCACCGCCAAACTGCTGACCGAGATCCGCCGCCAGACTGGGGTGATTTTTCCGGCAGATAGCGTAAAACTATAATTGCCAAAGTAAAACAGTGTAAAAGGTATGTAACAGACCATTGACTGGCTG > CP009273/3231409‑3231707 | tGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCCGCAGCATATTAATACCATGCTCTACGAAGCAGAGCTGTTCGCTACCCTGGTGGATGAGCATCTGGTGGatc < 1:3814386/150‑1 (MQ=255) ggTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCCGCAGCATATTAATACCATGCTCTACGAAGCAGAGCTGTTCGCTACCCTGGTGGATGAGCATCTGGTGGatca < 1:1411057/150‑1 (MQ=255) ggTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCCGCAGCATATTAATACCATGCTCTACGAAGCAGAGCTGTTCGCTACCCTGGTGGATGAGCATCTGGTGGatca < 2:3911715/150‑1 (MQ=255) tGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCCGCAGCATATTAATACCATGCTCTACGAAGCAGAGCTGTTCGCTACCCTGGTGGATGAGCATCTGGTGGatcatc < 1:1875392/150‑1 (MQ=255) aTTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCCGCAGCATATTAATACCATGCTCTACGAAGCAGAGCTGTTCGCTACCCTGGTGGATGAGCATCTGGTGGATCATCCa < 1:2290597/150‑1 (MQ=255) ttGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCCGCAGCATATTAATACCATGCTCTACGAAGCAGAGCTGTTCGCTACCCTGGTGGATGAGCATCTGGTGGATCATCCAg < 1:3893015/150‑1 (MQ=255) tGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGTAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCCGCAGCATATTAATACCATGCTCTACGAAGCAGAGCTGTTCGCTACCCTGGTGGATGAGCATCTGGTGGATCATCCAgg < 1:4481483/150‑1 (MQ=255) aaaaaCTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCCGCAGCATATTAATACCATGCTCTACGAAGCAGAGCTGTTCGCTACCCTGGTGGATGAGCATCTGGTGGATCATCCAGGGc > 2:4348197/1‑150 (MQ=255) 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gAGCATCTGGTGGATCATCCAGGGCTGGCGGTCAGTCGCATCACCGCCAAACTGCTGACCGAGATCCGCCGCCAGACTGGGGTGATTTTTCCGGCAGATAGCGTAAAACTATAATTGCCAAAGTAAAACAGTGTAAAAGGTATGTAACAg > 2:34514/1‑150 (MQ=255) gAGCATCTGGTGGATCATCCAGGGCTGGCGGTCAGTCGCATCACCGCCAAACTGCTGACCGAGATCCGCCGCCAGACTGGGGTGATTTTTCCGGCAGATAGCGTAAAACTATAATTGCCAAAGTAAAACAGTGTAAAAGGTATGTAACAg < 2:1093066/150‑1 (MQ=255) aGCATCTGGTGGATCATCCAGGGCTGGCGGTCAGTCGCATCACCGCCAAACTGCTGACCGAGATCCGCCGCCAGACTGGGGTGATTTTTCCGGCAGATAGCGTAAAACTATAATTGCCAAAGTAAAACAGTGTAAAAGGTATGTAACAGa < 2:2052977/150‑1 (MQ=255) aGCATCTGGTGGATCATCCAGGGCTGGCGGTCAGTCGCATCACCGCCAAACTGCTGACCGAGATCCGCCGCCAGACTGGGGTGATTTTTCCGGCAGATAGCGTAAAACTATAATTGCCAAAGTAAAACAGTGTAAAAGGTATGTAACAGa < 1:4287354/150‑1 (MQ=255) cTGGTGGATCATCCAGGGCTGGCGGTCAGTCGCATCACCGCCAAACTGCTGACCGAGATCCGCCGCCAGACTGGGGTGATTTTTCCGGCAGATAGCGTAAAACTATAATTGCCAAAGTAAAACAGTGTAAAAGGTATGTAACAGACCAtt < 2:1094716/150‑1 (MQ=255) tggtggATCATCCAGGGCTGGCGGTCAGTCGCATCACCGCCAAACTGCTGACCGAGATCCGCCGCCAGACTGGGGTGATTTTTCCGGCAGATAGCGTAAAACTATAATTGCCAAAGTAAAACAGTGTAAAAGGTATGTAACAGACCATTg < 1:15723/150‑1 (MQ=255) tggtggATCATCCAGGGCTGGCGGTCAGTCGCATCACCGCCAAACTGCTGACCGAGATCCGCCGCCAGACTGGGGTGATTTTTCCGGCAGATAGCGTAAAACTATAATTGCCAAAGTAAAACAGTGTAAAAGGTATGTAACAGACCATTg < 2:2921982/150‑1 (MQ=255) ggtggATCATCCAGGGCTGGCGGTCAGTCGCATCACCGCCAAACTGCTGACCGAGATCCGCCGCCAGACTGGGGTGATTTTTCCGGCAGATAGCGTAAAACTATAATTGCCAAAGTAAAACAGTGTAAAAGGTATGTAACAGACCATTGa > 2:1799998/1‑150 (MQ=255) gtggATCATCCAGGGCTGGCGGTCAGTCGCATCACCGCCAAACTGCTGACCGAGATCCGCCGCCAGACTGGGGTGATTTTTCCGGCAGATAGCGTAAAACTATAATTGCCAAAGTAAAACAGTGTAAAAGGTATGTAACAGACCATTGAc > 2:3720569/1‑150 (MQ=255) gATCATCCAGGGCTGGCGGTCAGTCGCATCACCGCCAAACTGCTGACCGAGATCCGCCGCCAGACTGGGGTGATTTTTCCGGCAGATAGCGTAAAACTATAATTGCCAAAGTAAAACAGTGTAAAAGGTATGTAACAGACCATTGACTgg < 2:1152874/150‑1 (MQ=255) gATAATCCAGGGCTGGCGGTCAGTCGCATCACCGCCAAACTGCTGACCGAGATCCGCCGCCAGACTGGGGTGATTTTTCCGGCAGATAGCGTAAAACTATAATTGCCAAAGTAAAACAGTGTAAAAGGTATGTAACAGACCATTGACTgg < 1:2079365/150‑1 (MQ=255) catcCAGGGCTGGCGGTCAGTCGCATCACCGCCAAACTGCTGACCGAGATCCGCCGCCAGACTGGGGTGATTTTTCCGGCAGATAGCGTAAAACTATAATTGCCAAAGTAAAACAGTGTAAAAGGTATGTAACAGACCATTGACTGGCTg > 1:3780928/1‑150 (MQ=255) | TGGTGATTGAAAAACTGTCTGAATGCCAGAAAGTGTGCTTCGTGCCGCGTGGCAGCCAAATGCAGGATCTCACCCAGCCGCAGCATATTAATACCATGCTCTACGAAGCAGAGCTGTTCGCTACCCTGGTGGATGAGCATCTGGTGGATCATCCAGGGCTGGCGGTCAGTCGCATCACCGCCAAACTGCTGACCGAGATCCGCCGCCAGACTGGGGTGATTTTTCCGGCAGATAGCGTAAAACTATAATTGCCAAAGTAAAACAGTGTAAAAGGTATGTAACAGACCATTGACTGGCTG > CP009273/3231409‑3231707 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |