| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,281,016 | T→G | 22.2% | C78G (TGC→GGC) | yraH → | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,281,016 | 0 | T | G | 22.2% | 453.5 / 174.1 | 251 | C78G (TGC→GGC) | yraH | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (85/110); new base G (22/34); total (107/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
TGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCAATGACTGGGTGGGAGCACGATAACGGCAACGTTGAAGCGTCTTTCCGTCTATGGCTGGAAACGCGAGATAATGGCACCGTCCCTAACTTCCCTAATCTGGCAAAAGTAGGCTCTTTTGCTGGCATAGCGGCAACAGGTGTGGGT > CP009273/3280871‑3281165 | tGATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACGGccc < 2:3245640/150‑1 (MQ=255) gATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCa > 2:3348886/1‑150 (MQ=255) gATGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCa > 2:1068592/1‑150 (MQ=255) tGGCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCAAt > 1:78181/1‑150 (MQ=255) ggCGAGATTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCAATg < 2:1384696/150‑1 (MQ=255) gagaTTTTAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCAATGACt < 2:1452226/150‑1 (MQ=255) tAAAATCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCAATGACtgggtggg < 2:3182880/150‑1 (MQ=255) aaaaTCCGCTTGTGAAATCAATGACTCTGATAAGAAAATTGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCTAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACGGCCCAATGACTGGGTGGGa > 1:842166/1‑150 (MQ=255) 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ttGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCAATGACTGGGTGGGAGCACGATAACGGCAACGTTGAAGCGTCTTTCCGTCTAt > 1:2944268/1‑150 (MQ=255) tGAAGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCAATGACTGGGTGGGAGCACGATAACGGCAACGTTGAAGCGTCTTTCCGTCTATg > 2:2445035/1‑150 (MQ=255) aaGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCAATGACTGGGTGGGAGCACGATAACGGCAACGTTGAAGCGTCTTTCCGTCTATGGc > 1:3396987/1‑150 (MQ=255) aaGTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCAATGACTGGGTGGGAGCACGATAACGGCAACGTTGAAGCGTCTTTCCGTCTATGGc > 1:3724543/1‑150 (MQ=255) gTTGCTCTTGGTCACTATAATGCCGAACAGTTTCGTAATATTGGCGAGCGTAGCCCAAAAATTCCATTCACTATTCCTTTAGTTAACTGCCCAATGACTGGGTGGGAGCACGATAACGGCAACGTTGAAGCGTCTTTCCGTCTATGGCTg > 1:1554005/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |