| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,296,612 | G→T | 5.5% | A255A (GCG→GCT) | yhbV → | U32 peptidase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,296,612 | 0 | G | T | 5.5% | 1219.1 / 26.8 | 322 | A255A (GCG→GCT) | yhbV | U32 peptidase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (161/141); new base T (6/14); total (167/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.26e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
GTGCTGTCGCAGGAAAACCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTAACAACTTTAACTACT > CP009273/3296463‑3296761 | tGCTGTCGCAGGAAAACCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGa > 1:1003734/1‑150 (MQ=255) gCTGTCGCAGGAAAACCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGAACATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGAt > 1:2478770/1‑150 (MQ=255) cTGTCGCAGGAAAACCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATg < 2:45431/150‑1 (MQ=255) tCGCAGGAAAACCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTc < 1:1890735/150‑1 (MQ=255) gCAGGAAAACCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGa < 2:3291523/150‑1 (MQ=255) gCAGGAAAACCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGa > 2:4158584/1‑150 (MQ=255) cAGGAAAACCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGAc > 1:4443696/1‑150 (MQ=255) cAGGAAAACCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGAc < 1:4157504/150‑1 (MQ=255) gAAAACCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGACGcc > 1:3845769/1‑150 (MQ=255) aaaaCCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCt > 2:3684249/1‑150 (MQ=255) aaaCCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCtt > 1:314790/1‑150 (MQ=255) aCCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCTTcc > 2:1136841/1‑150 (MQ=255) aacaaGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCcgcg < 1:1366831/150‑1 (MQ=255) 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gTACTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGtt < 1:1689546/150‑1 (MQ=255) aCTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTaa < 2:3040788/150‑1 (MQ=255) cTGACACTTTCGCTATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTaac < 1:3520239/150‑1 (MQ=255) cTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTaac > 1:1102990/1‑150 (MQ=255) cTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTaac < 1:2624388/150‑1 (MQ=255) cTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTaac < 1:359671/150‑1 (MQ=255) acTTTCGCTATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTAACAACtt < 2:753701/150‑1 (MQ=255) cTTTCGCTATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTAACAACttt < 2:3946251/150‑1 (MQ=255) cTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTAACACCttt < 2:3509532/150‑1 (MQ=255) cTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTAACAACttt < 1:1795363/150‑1 (MQ=255) tttCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATTAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTAACAACTTTa < 1:783933/150‑1 (MQ=255) cgctATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTAACAAATTTAact < 1:2980460/150‑1 (MQ=255) | GTGCTGTCGCAGGAAAACCAACAAGTGTTTGTACTCAATGGCATTCAGACCATGAGCGGCTACGTTTACAACCTCGGTAACGAGCTGGCATCCATGCAGGGCCTGGTTGATGTGGTCCGCCTGTCACCGCAGGGTACTGACACTTTCGCGATGCTCGACGCCTTCCGCGCTAATGAAAATGGCGCTGCACCACTGCCGTTGACGGCGAACAGCGACTGTAACGGCTACTGGCGGCGGCTGGCAGGACTGGAGCTGCAAGCCTAAGTAAATAGCTCACTTTGTTAACAACTTTAACTACT > CP009273/3296463‑3296761 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |