Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,354,405 | C→T | 89.0% | intergenic (+430/‑130) | gltD → / → gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,354,405 | 0 | C | T | 89.0% | 552.4 / 49.4 | 182 | intergenic (+430/‑130) | gltD/gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/9); new base T (91/71); total (102/80) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.73e-01 |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
AAATATGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGA > CP009273/3354258‑3354550 | tatGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaa < 2:750735/150‑1 (MQ=255) tGAATATAAAAATCCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCATACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAACCCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaaat < 2:4314635/150‑1 (MQ=255) tGAATATAAAAAACCAATATATTATCCTTAATTATCTATATATTTTCCTATTTTTCAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTTATtaaat < 2:484037/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |