| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,360,610 | C→T | 12.3% | T109I (ACC→ATC) | yhcF → | putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,360,610 | 0 | C | T | 12.3% | 793.3 / 81.1 | 270 | T109I (ACC→ATC) | yhcF | putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (117/116); new base T (12/21); total (133/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
CAGCACTACACACAGATTGGAACACGTAATATTAATATGACTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAACGCGCTTATTCGGCTTAGGGAAAACAAAAGATAATAAAAATATCGGTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAA > CP009273/3360462‑3360759 | cagcaCTACACACAGATTGGAACACGTAATATTAATATGACTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATAcc > 1:1293148/1‑150 (MQ=255)cagcaCTACACACAGATTGGAACACGTAATATTAATATGACTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATAcc > 1:1293395/1‑150 (MQ=255) agcaCTACACACCGCGTGGAACCCGTCATATTAATAGGACTATCACTTGCGACTCCGCGTCCGGCAGTGCGATTACCGCTCGTGCTACACGAATGGATCGTATGACCACCGGACAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGGAAAATATcccg < 2:754951/150‑2 (MQ=255) agcaCTACACACAGATTGGAACACGTAATATTAATATGACTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATATCt > 1:2157555/1‑150 (MQ=255) agcaCTACACACAGATTGGAACACGTAATATTAATATGACTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCt < 2:3393241/150‑1 (MQ=255) caCTACACACAGATTGGAACACGTAATATTAATATGACTATAACTTGCGAATCCGCTACTGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTa < 2:3111166/150‑1 (MQ=255) caCTACACACAGATTGGAACACGTAATATTAATATGACTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTa < 1:2423488/150‑1 (MQ=255) tACTCACAGATTGGAACACGTAATATTAATATGACTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATATCTTAAAt < 2:3777527/150‑1 (MQ=255) tACACACAGATTGGAACACGTAATATTAATATGACTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTAAAt > 2:1774310/1‑150 (MQ=255) tACACACAGATTGGAACACGTAATATTAATATGACTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTAAAt < 2:4399235/150‑1 (MQ=255) cacacaGATTGGAACACGTAATATTAATATGACTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATATCTTAAATgg > 1:2734235/1‑150 (MQ=255) caGATTGGAACACGTAATATTAATATGACTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTAAATGGCGGa > 2:2591099/1‑150 (MQ=255) aGATTGGAACACGTAATATTAATATGACTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTAAATGGCGGAg < 1:2587759/150‑1 (MQ=255) 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taatatGACTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATAACTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAAc > 2:3004669/1‑150 (MQ=255) aatatGACTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAAcg > 1:6526/1‑150 (MQ=255) tGACTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATATCTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAACGCGCt < 1:4235912/150‑1 (MQ=255) tGACTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAACGCGCt > 1:3140204/1‑150 (MQ=255) tGACTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAACGCGCt > 1:2656507/1‑150 (MQ=255) tGACTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAACGCGCt < 2:1267801/150‑1 (MQ=255) tGACTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAACGCGCt > 2:119997/1‑150 (MQ=255) aCTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAACGCGCTTa > 1:227546/1‑150 (MQ=255) aCTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAACGCGCTTa < 1:875119/150‑1 (MQ=255) aCTATAACTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAACGCGCTTa > 2:742989/1‑150 (MQ=255) 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taACGTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAACGCGCTTATTCg < 2:2386093/150‑1 (MQ=255) cTTGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAACGCGCTTATTCGGCt < 2:2048497/150‑1 (MQ=255) tGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAACGCGCTTATTCGGCTTa < 2:1164381/150‑1 (MQ=255) tGCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAACGCGCTTATTCGGCTTa < 1:3673617/150‑1 (MQ=255) gCGAATCCGCTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAACGCGCTTATTCGGCTTAg < 2:4100554/150‑1 (MQ=255) 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cTACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAACGCGCTTATTCGGCTTAGGGAAAACaa > 2:1939588/1‑150 (MQ=255) tACCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATACCTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAACGCGCTTATTCGGCTTAGGGAAAACaaa > 1:490498/1‑150 (MQ=255) gaCCGGCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATATCTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAACGCGCTTATTCGGCTTAGGGAAAACaaa < 1:3511559/149‑1 (MQ=255) ggCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATATCTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAACGCGCTTATTCGGCTTAGGGAAAACAAAAGat < 1:2359808/150‑1 (MQ=255) ggCATTGCGATTACCGCTCGTGATACACGAATGGATAGTATGACCACCGGAAAAGATAGTGGGGGTCAGAGTGGTGTAAAATATATCTTAAATGGCGGAGGTTATATTAGCCAGACAACGCGCTTATTCGGCTTAGGGAAAACAAAAGat > 2:3053799/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |