| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,385,669 | A→T | 5.8% | intergenic (‑282/+148) | tldD ← / ← yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,385,669 | 0 | A | T | 5.8% | 612.1 / 2.7 | 230 | intergenic (‑282/+148) | tldD/yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (166/29); new base T (2/15); total (168/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
AACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAAT > CP009273/3385520‑3385817 | accGGCTGTCGTTTGCGTCGTAACCGCCTAATCCGACCTCGGGTTATGTACCTTTTTTAGGCCTTATAAGACCCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTa < 2:4339434/148‑1 (MQ=14)aaCGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTa > 2:3214567/1‑150 (MQ=255)aaCGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTa > 2:3088446/1‑150 (MQ=255) ggCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCACCGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTATGc > 2:2606088/1‑150 (MQ=255) tGTCGGAGGGGGCGTAACGGCCTTCTCCGACCTCGGTTTTTGGTCTGTTTTTCGGCCTTTTACGACGAACAGCGGCGCACCCGCCCACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTg < 1:2590754/150‑1 (MQ=9) gcggtcggcggctTAACCCCCTTAACCGACCACCGGTAATGTCCCGTTTGGAGGCCTGATAAGACGCACACCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCAGa < 2:1751008/143‑1 (MQ=14) ggATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATaa > 1:1130532/1‑150 (MQ=255) ggATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCGTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTGTCTAGGCCTGATaa > 2:3350064/1‑150 (MQ=255) cgggttAAACGCCTTACCCTCCCTAGGTTTATGTTCCGTTTTTAGGCCTGATAAGACGCACAGGTTCGCATCTGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGc < 2:2716355/145‑1 (MQ=14) ggcgTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGca > 1:1131723/1‑150 (MQ=255) ggcgTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCAACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGca > 1:4370904/1‑150 (MQ=255) gTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCAGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAg > 2:2365508/1‑150 (MQ=255) tAACCGCCTTATCCGACCTAGGTTTTTGTTCGTTTTGTAGGCCTGATAAGACCCACCGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGc < 2:587498/150‑1 (MQ=14) tAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGc > 1:2403730/1‑150 (MQ=255) aaaCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCg > 1:1223845/1‑150 (MQ=255) aaaCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCAGGTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAgag > 2:510539/1‑148 (MQ=255) aaCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGt > 2:113856/1‑150 (MQ=255) cGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCg > 2:1019706/1‑150 (MQ=255) cGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCg > 1:3802166/1‑150 (MQ=255) cGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCg > 1:1229550/1‑150 (MQ=255) cGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGCCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCg > 2:3472877/1‑150 (MQ=255) cTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCAt > 1:2972028/1‑150 (MQ=255) ttATCCGACCTCCGTTTTTGTTCCGTTTGTTGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATc < 2:3306957/150‑1 (MQ=14) 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cTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAATACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCTGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCAGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACgg > 1:2141576/1‑150 (MQ=255) cTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTATGTAGGCCTGATAAGACGCACAGAGACGCATCAGGCAACgg > 2:763290/1‑150 (MQ=255) tACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTCTCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGc > 1:1177057/1‑150 (MQ=25) aggTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGTCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTg > 2:1321274/2‑150 (MQ=25) ggTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGc > 1:535177/1‑150 (MQ=35) 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aaGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCg > 1:643326/1‑150 (MQ=37) aaGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCGTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTGTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCg > 2:2116373/1‑150 (MQ=255) cGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCt > 1:4515062/1‑150 (MQ=37) aGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGc > 2:2939120/1‑150 (MQ=25) aGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCATCGGTTATGTTCTGGc > 1:1719588/1‑150 (MQ=255) 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aCGTTTAT‑GTTCGTTTTGTAGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAAt < 2:1201937/150‑1 (MQ=255) ggTTAT‑GTTCCGTTTGTCGGCCGTATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTa < 2:283794/150‑1 (MQ=255) gTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTAc > 1:2098638/1‑150 (MQ=255) gTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTAc > 1:4376008/1‑150 (MQ=255) ttAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTAcg > 1:2241964/1‑150 (MQ=255) 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gTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTAGGAGATTGGGGCCATTACGCGCCCTCGTCacc > 1:3918318/1‑148 (MQ=255) tAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTCTGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAAt > 2:924932/1‑150 (MQ=255) | AACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT‑GTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAAT > CP009273/3385520‑3385817 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |