| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,525,215 | A→C | 8.8% | L195R (CTG→CGG) | yhgE ← | DUF4153 family putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,525,215 | 0 | A | C | 8.8% | 560.4 / 18.6 | 242 | L195R (CTG→CGG) | yhgE | DUF4153 family putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (96/117); new base C (24/2); total (120/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.54e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
CGCGCTCAGGCCCGTAAACGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGATAAATAAACCAGT‑CGGTTGCAAAAAAGAGCGTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCATTGGCGAGAAAAATCACCAG > CP009273/3525070‑3525363 | cgcgCTCAGGCCCGTAAACGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAgcgc > 2:4318455/1‑150 (MQ=255) gcgcTCAGGCCCGTAAACGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGcgcg < 2:2327505/150‑1 (MQ=255) tCAGGCCCGTAAACGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTaa < 2:1023999/150‑1 (MQ=255) 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tCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGATAAATAAACCAGT‑CGGTTGCAAAAAAGAGCGTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCAta > 1:548772/1‑149 (MQ=255) cgcgcgAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGATAAATAAACCAGT‑CGGTTGCAAAAAAGAGCGTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCATTg > 2:144950/1‑150 (MQ=255) cgcgAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGATAAATAAACCAGT‑CGGTTGCAAAAAAGAGCGTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCATTGGc < 2:3259573/150‑1 (MQ=255) gAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGATAAATAAACCAGT‑CGGTTGCAAAAAAGAGCGTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCATTGGCgag < 1:963140/150‑1 (MQ=255) gAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGATAAATAAACCAGT‑CGGTTGCAAAAAAGAGCGTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGCCAAGCCATTGGCgag > 2:4214344/1‑150 (MQ=255) 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ccGCCAGCGCGGTAACCAGACATAACTTGATAAAAATAAACCCGT‑CGGTTGCAAAAAAGAGCTTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCATTGGCGAGAAAAATCa < 1:420984/150‑1 (MQ=255) cAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGATAAATAAACCAGT‑CGGTTGCAAAAAAGAGCGTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCATTGGCGAGAAAAATCACCAg > 1:4442175/1‑150 (MQ=255) | CGCGCTCAGGCCCGTAAACGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGATAAATAAACCAGT‑CGGTTGCAAAAAAGAGCGTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCATTGGCGAGAAAAATCACCAG > CP009273/3525070‑3525363 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |