| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,530,608 | G→T | 7.2% | A146A (GCG→GCT) | greB → | transcript cleavage factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,530,608 | 0 | G | T | 7.2% | 946.0 / 34.8 | 249 | A146A (GCG→GCT) | greB | transcript cleavage factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (82/149); new base T (8/10); total (90/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
GATGGCGTGACTCACCGTTTCCGTATTGTCGGCTACGATGAAATTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTAATGCTATCGAGTACGTGAAACCGTAAGGAAGAGTCTTAACCTCCTGCCGA‑TGGCT‑GGCATTTTTGCCAGCCAGTCCGTATAACTATCCCCTGATTTTTGATCCGAAAAGATGAACTCAAACCATGATGAATGATTC > CP009273/3530459‑3530757 | gaTGGCGTGACTCACCGTTTCCGTATTGTCGGCTACGATGAAATTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCg > 1:2180555/1‑150 (MQ=255) tGGCGTGACTCACCGTTTCCGTATTGTCGGCTACGATGAAATTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAg > 2:3381162/1‑150 (MQ=255) cGTGACTCACCGTTTCCGTATTGTCGGCTACGATGAAATTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTg < 1:4087886/150‑1 (MQ=255) cGTGACTCACCGTTTCCGTATTGTCGGCTACGATGAAATTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTg > 2:4036825/1‑150 (MQ=255) tGACTCACCGTTTCCGTATTGTCGGCTACGATGAAATTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGt < 2:2501835/150‑1 (MQ=255) tGACTCACCGTTTCCGTATTGTCGGCTACGATGAAATTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGt < 1:1689922/150‑1 (MQ=255) gACTCACCGTTTCCGTATTGTCGGCTACGATGAAATTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTa < 2:2492935/150‑1 (MQ=255) gACTCACCGTTTCCGTATTGTCGGCTACGATGAAATTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTa > 1:1828730/1‑150 (MQ=255) aCTCACCGTTTCCGTATTGTCGGCTACGATGAAATTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTAt < 2:169912/150‑1 (MQ=255) aCTCACCGTTTCCGTATTGTCGGCTACGATGAAATTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTAt < 2:1876618/150‑1 (MQ=255) cTCACCGTTTCCGTATTGTCGGCTACGATGAAATTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATg < 2:887419/150‑1 (MQ=255) cACCGTTTCCGTATTGTCGGCTACGATGAAATTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGtt < 1:984525/150‑1 (MQ=255) ccGTTTCCGTATTGTCGGCTACGATGAAATTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTaa < 1:699681/150‑1 (MQ=255) cGTTTCCGTATTGTCGGCTACGATGAAATTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTAAt > 1:1376591/1‑150 (MQ=255) gTTTCCGTATTGTCGGCTACGATGAAATTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTAATg < 2:4218115/150‑1 (MQ=255) ttCCGTATTGTCGGCTACGATGAAATTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTAATGCt > 2:2190664/1‑150 (MQ=255) cGTATTGTCGGCTACGATGAAATTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTAATGCTATc < 1:1470009/150‑1 (MQ=255) cGTATTGTCGGCTACGATGAAATTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTAATGCTATc < 1:3752588/150‑1 (MQ=255) 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aaTTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTAATGCTATCGAGTACGTGAAACCGTAAgg < 1:2446274/150‑1 (MQ=255) tttttGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTAATGCTCTCGAGTACGTGAAACCGTAAGGaa > 1:2300108/1‑150 (MQ=255) tttttGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTAATGCTATCGAGTACGTGAAACCGTAAGGaa < 1:3385648/150‑1 (MQ=255) tttttGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGAGTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTAATGCTATCGAGTACGTGAAACCGTAAGGaa < 2:3146140/150‑1 (MQ=255) aaaGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCTAGCTGGTATGTTAATGCTATCGAGTACGTGAAACCGTAAGGAAGAGTCTTAAcc > 1:2990239/1‑150 (MQ=255) 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ttACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTAATGCTATCGAGTACGTGAAACCGTAAGGAAGAGTCTTAACCTCCTg < 1:2828832/150‑1 (MQ=255) cATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTAATGCTATCGAGTACGTGAAACCGTAAGGAAGAGTCTTAACCTCCTGCCg > 2:1600942/1‑150 (MQ=255) aTCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTAATGCTATCGAGTACGTGAAACCGTAAGGAAGAGTCTTAACCTCCTGCCGA‑tggct‑g < 2:261835/150‑1 (MQ=255) gATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTAATGCTATCGAGTACGTGAAACCGTAAGGAAGAGTCTTAACCTCCTGCCGA‑GTGCT‑GGCa > 2:1139504/1‑150 (MQ=255) aTTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTAATGCTATCGAGTACGTGAAACCGTAAGGAAGAGTCTTAACCTCCTGCCGA‑TGGCT‑GGCaa > 1:1111071/1‑149 (MQ=255) 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cccTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTAATGCTATCGAGTACGTGAAACCGTAAGGAAGAGTCTTAACCTCCTGCCGA‑TGGCT‑GGCATTTTTGCCAGCCAGTCCGTATAACTATCCCCTGATTTTTGATCCGAAAAGATGAACTCAAAc < 1:2093685/150‑1 (MQ=255) ccTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTAATGCTATCGAGTACGTGAAACCGTAAGGAAGAGTCTTAACCTCCTGCCGA‑TGGCT‑GGCATTTTTGCCAGCCAGTCCGTATAACTATCCCCTGATTTTTGATCCGAAAAGATGAACTCAAAcc < 1:301611/150‑1 (MQ=255) ccTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTAATGCTATCGAGTACGTGAAACCGTAAGGAAGAGTCTTAACCTCCTGCCGA‑TGGCT‑GGCATTTTTGCCAGCCAGTCCGTATAACTATCCCCTGATTTTTGATCCGAAAAGATGAACTCAAAcc < 1:2373136/150‑1 (MQ=255) ccTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTAATGCTATCGAGTACGTGAAACCGTAAGGAAGAGTCTTAACCTCCTGCCGA‑TGGCT‑GGCATTTTTGCCAGCCAGTCCGTATAACTATCCCCTGATTTTTGATCCGAAAAGATGAACTCAAAcc < 1:3658981/150‑1 (MQ=255) ggggAAGCGAGCTGGTATGTTAATGCTATCGAGTACGTGAAACCGTAAGGAAGAGTCTTAACCTCCTGCCGA‑TGGCTGGGCATTTTT‑CCACCCCCGCCCGATAAAAATACCCCGATTTTTGATCCGAAAAAATTAAAACAAACCaagaat > 2:1555606/1‑148 (MQ=255) 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gCGAGCTGGTATGTTAATGCTATCGAGTACGTGAAACCGTAAGGAAGAGTCTTAACCTCCTGCCGA‑TGGCT‑GGCATTTTTGCCAGCCAGTCCGTATAACTATCCCCTGATTTTTGATCCGAAAAGATGAACTCAAACCATGATGAATGAt < 2:4216252/150‑1 (MQ=255) gAGCTGGTATGTTAATGCTATCGAGTACGTGAAACCGTAAGGAAGAGTCTTAACCTCCTGCCGA‑TGGCT‑GGCATTTTTGACAGCCAGTCCGTATAACTATCCCCTGATTTTTGATCCGAAAAGATGAACTCAAACCATGATGAATGATTc < 2:4450098/150‑1 (MQ=255) | GATGGCGTGACTCACCGTTTCCGTATTGTCGGCTACGATGAAATTTTTGGCCGTAAAGATTACATCTCTATCGATTCCCCGATGGCCCGCGCATTGCTGAAAAAAGAAGTCGGCGATCTGGCGGTGGTGAATACCCCTGCCGGGGAAGCGAGCTGGTATGTTAATGCTATCGAGTACGTGAAACCGTAAGGAAGAGTCTTAACCTCCTGCCGA‑TGGCT‑GGCATTTTTGCCAGCCAGTCCGTATAACTATCCCCTGATTTTTGATCCGAAAAGATGAACTCAAACCATGATGAATGATTC > CP009273/3530459‑3530757 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |