| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,544,759 | C→A | 5.3% | V358V (GTG→GTT) | malP ← | maltodextrin phosphorylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,544,759 | 0 | C | A | 5.3% | 1162.7 / 28.2 | 301 | V358V (GTG→GTT) | malP | maltodextrin phosphorylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (139/146); new base A (11/5); total (150/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
GCCATATGCACTTGTTTGTCGTGCACCACCGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGT > CP009273/3544610‑3544908 | gCCATATGCACTTGTTTGTCGTGCACCACCGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTc > 1:4408475/1‑150 (MQ=255) cATATGCACTTGTTTGTCGTGCACCACCGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTcac < 2:3377168/150‑1 (MQ=255) tatGCACTTGTTTGTCGTGCACCACCGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACAt > 2:2036277/1‑150 (MQ=255) tGCACTTGTTTGTCGTGCACCACCGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTAACATcc < 2:3730235/150‑1 (MQ=255) cACTTGTTTGTCGTGCACCACCGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCa > 2:1301023/1‑150 (MQ=255) cTTGTTTGTCGTGCACCACCGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGc < 1:2369645/150‑1 (MQ=255) cTTGTTTGTCGTGCACCACCGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGc > 1:2073819/1‑150 (MQ=255) ttgtttgtCGTGCACCACCGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCg > 1:561467/1‑150 (MQ=255) 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cAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTgg > 1:3724274/1‑150 (MQ=255) cAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTgg < 2:1752067/150‑1 (MQ=255) gTAAGCCTTTCACCAGGTTCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGGATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTGCTggcc > 2:1973255/1‑148 (MQ=255) tAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGaag > 2:3067975/1‑149 (MQ=255) tAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAAt < 1:2902376/150‑1 (MQ=255) tAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAAt > 2:1804255/1‑150 (MQ=255) tAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAAt < 1:4411213/150‑1 (MQ=255) tAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAAt < 1:1281299/150‑1 (MQ=255) aGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATcg < 1:196656/150‑1 (MQ=255) tttCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGAt < 1:1243092/150‑1 (MQ=255) ttCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGCGCCTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATa > 2:3442250/1‑150 (MQ=255) tCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAg < 1:2731084/150‑1 (MQ=255) aCCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGtt < 2:2955645/150‑1 (MQ=255) gTTTCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTtgggt < 1:977138/150‑1 (MQ=255) tttCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTtgggtg < 1:1552339/150‑1 (MQ=255) ttCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTtgggtgg > 1:2001156/1‑150 (MQ=255) cacaTCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTgggtgggt > 2:3563259/1‑150 (MQ=255) | GCCATATGCACTTGTTTGTCGTGCACCACCGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCGGCCAGGTTTTCTCTACCAGCGTTTTAAAGCGAGTATTAATTTCGTTAATAATCTGCATGTGGCGCGGCAGTAAGCCTTTCACCAGTTTCACATCCCAGCGTTCCAGCGCTTCTGGCATCAGGGTATGGTTGGTGTAAGCGAAAGTTTTGCTGGTAATGGCCCAGGCGTCATCCCAGCTCATCTGGTGCTCATCGATCAGCACGCGCAGCAGTTCTGGAATCGCGATAGTTGGGTGGGT > CP009273/3544610‑3544908 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |