| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,546,323 | 0 | C | A | 9.5% | 507.7 / 2.3 | 173 | intergenic (‑491/‑121) | malP/malT | maltodextrin phosphorylase/mal regulon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (69/76); new base A (26/2); total (95/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
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tcatcaGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAAc < 1:2460719/150‑1 (MQ=255) ggAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTTTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATc < 1:3205848/150‑1 (MQ=255) ggAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGTATTGTGACACAGTGCAAAATAAGACACAAAAAAAAAAGTCATc > 2:3145774/1‑150 (MQ=255) ggAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGACATc > 2:2763038/1‑150 (MQ=255) gaagaagaaACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTg < 1:2892416/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |