Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,551,503 | T→C | 20.5% | intergenic (‑65/‑124) | rtcB ← / → rtcR | RNA‑splicing ligase/sigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,551,503 | 0 | T | C | 20.5% | 573.5 / 150.3 | 253 | intergenic (‑65/‑124) | rtcB/rtcR | RNA‑splicing ligase/sigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (91/110); new base C (17/35); total (108/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
GCTGACGCGCATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAATAAGCAGCTTAATTTTTTAATTCATTGTTTTAAAAAAGATTATATCTTTACGTCCGTAACCGGAGATTTCCCGCAAAGCCAATTTACCGATAATGAAATATCGTCTTTTATAAGGATATCTAAGATGCGTAAAACAGTGGCTTTTGGCTT > CP009273/3551354‑3551652 | gCTGACGCGCATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAAt < 2:135095/150‑1 (MQ=255) tGACGCGCATCGGCCTCGACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAATaa < 2:3064589/150‑1 (MQ=255) cgcATCGGCCTCTACCGGCACGCCTTTGGTCCACATTTTTACCGGGGCATTTTCAGTGGTCAGTAATTCGTAATTCATTTTGTTTTTCTCTTTTCGTTGTTTGCTGTCCTGATAATTGCAACCGTCGTGCCAGAAAATTAAATAagcagc < 2:1814034/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |