| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 347,652 | G→T | 16.6% | E243* (GAA→TAA) | prpD → | 2‑methylcitrate dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 347,652 | 0 | G | T | 16.6% | 829.6 / 111.0 | 270 | E243* (GAA→TAA) | prpD | 2‑methylcitrate dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (104/121); new base T (17/28); total (121/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
AAATTCTCAACGCCGTTTCGCTGGCGTGGGTGGACGGTCAGTCGCTGCGCACCTATCGCCATGCGCCGAACACCGGCACGCGTAAATCCTGGGCGGCGGGCGATGCCACTTCCCGCGCGGTACGTCTGGCACTGATGGCGAAAACGGGCGAAATGGGTTACCCGTCAGCCCTGACTGCGCCGGTGTGGGGCTTCTACGACGTCTCCTTTAAAGGTGAATCGTTCCGCTTCCAGCGCCCGTACGGTTCCTACGTTATGGAAAATGTGCTGTTCAAAATCTCCTTCCCGGCGGAGTTCCAC > CP009273/347503‑347801 | aaaTTCTCAACGCCGTTTCGCTGGCGTGGGTGGACGGTCAGTCGCTGCGCACCTATCGCCATGCGCCGAACACCGGCACGCGTAAATCCTGGGCGGCGGGCGATGCCACTTCCCGCGCGGTACGTCTGGCACTGATGGCGAAAACGGGCg < 2:4182726/150‑1 (MQ=255) tcAACGCCGTTTCGCTGGCGTGGGTGGACGGTCAGTCGCTGCGCACCTATCGCCATGCGCCGAACACCGGCACGCGTAAATCCTGGGCGGCGGGCGATGCCACTTCCCGCGCGGTACGTCTGGCACTGATGGCGAAAACGGGCTAAATgg < 2:3661799/150‑1 (MQ=255) tcAACGCCGTTTCGCTGGCGTGGGTGGACGGTCAGTCGCTGCGCACCTATCGCCATGCGCCGAACACCGGCACGCGTAAATCCTGGGCGGCGGGCGATGCCACTTCCCGCGCGGTACGTCTGGCACTGATGGCGAAAACGGGCGAAATgg > 2:2682650/1‑150 (MQ=255) cAACGCCGTTTCGCTGGCGTGGGTGGACGGTCAGTCGCTGCGCACCTATCGCCATGCGCCGAACACCGGCACGCGTAAATCCTGGGCGGCGGGCGATGCCACTTCCCGCGCGGTACGTCTGGCACTGATGGCGAAAACGGGCGAAATggg < 1:3659099/150‑1 (MQ=255) aCGCCGTTTCGCTGGCGTGGGTGGACGGTCAGTCGCTGCGCACCTATCGCCATGCGCCGAACACCGGCACGCGTAAATCCTGGGCGGCGGGCGATGCCACTTCCCGCGCGGTACGTCTGGCACTGATGGCGAAAACGGGCTAAATGGGtt < 1:4053971/150‑1 (MQ=255) cGCCGTTTCGCTGGCGTGGGTGGACGGTCAGTCGCTGCGCACCTATCGCCATGCGCCGAACACCGGCACGCGTAAATCCTGGGCGGCGGGCGATGCCACTTCCCGCGCGGTACGTCTGGCACTGATGGCGAAAACGGGCGAAATGGGTTa < 1:3375977/150‑1 (MQ=255) ccGTTTCGCTGGCGTGGGTGGACGGTCAGTCGCTGCGCACCTATCGCCATGCGCCGAACACCGGCACGCGTAAATCCTGGGCGGCGGGCGATGCCACTTCCCGCGCGGTACGTCTGGCACTGATGGCGAAAACGGGCGAAATGGGTTAcc > 1:1049853/1‑150 (MQ=255) gTTTCGCTGGCGTGGGTGGACGGTCAGTCGCTGCGCACCTATCGCCATGCGCCGAACACCGGCACGCGTAAATCCTGGGCGGCGGGCGATGCCACTTCCCGCGCGGTACGTCTGGCACTGATGGCGAAAACGGGCGAAATGGGTTACCCg > 2:2162830/1‑150 (MQ=255) gTTTCGCTGGCGTGGGTGGACGGTCAGTCGCTGCGCACCTATCGCCATGCGCCGAACACCGGCACGCGTAAATCCTGGGCGGCGGGCGATGCCACTTCCCGCGCGGTACGTCTGGCACTGATGGCGAAAACGGGCGAAATGGGTTACCCg > 2:2162568/1‑150 (MQ=255) gtgggtggACGGTCAGTCGCTGCGCACCTATCGCCATGCGCCGAACACCGGCACGCGTAAATCCTGGGCGGCGGGCGATGCCACTTCCCGCGCGGTACGTCTGGCACTGATGGCGAAAACGGGCGAAATGGGTTACCCGTCAGCCCTGAc < 2:3831779/150‑1 (MQ=255) tgggtggACGGTCAGTCGCTGCGCACCTATCGCCATGCGCCGAACACCGGCACGCGTAAATCCTGGGCGGCGGGCGATGCCACTTCCCGCGCGGTACGTCTGGCACTGATGGCGAAAACGGGCGAAATGGGTTACCCGTCAGCCCTGACt > 2:104480/1‑150 (MQ=255) agggtggACGGTCAGTCGCTGCGCACCTATCGCCATGCGCCGAACACCGGCACGCGTAAATCCTGGGCGGCGGGCGATGCCACTTCCCGCGCGGTACGTCTGGCACTGATGGCGAAAACGGGCGAAATGGGTTACCCGTCAGCCCTGACt > 2:818442/2‑150 (MQ=255) ggtggACGGTCAGTCGCTGCGCACCTATCGCCATGCGCCGAACACCGGCACGCGTAAATCCTGGGCGGCGGGCGATGCCACTTCCCGCGCGGTACGTCTGGCACTGATGGCGAAAACGGGCGAAATGGGTTACCCGTCAGCCCTGACTgc < 2:1596611/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |