Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,786,717 | G→T | 16.3% | N109K (AAC→AAA) | yibB ← | YibB family protein, function unknown |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,786,717 | 0 | G | T | 16.3% | 649.8 / 39.5 | 241 | N109K (AAC→AAA) | yibB | YibB family protein, function unknown |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (107/84); new base T (2/48); total (109/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-12 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
CAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAACCGTTGTTGGTTTTCCGTTGCGAATCGCTTCAAC > CP009273/3786567‑3786860 | aaTCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCCTGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACGCTggg > 1:1036800/1‑150 (MQ=255) aaTCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTggg < 1:989629/150‑1 (MQ=255) aTCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGt > 2:3167839/1‑150 (MQ=255) 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ttACATGTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAAtt < 2:4015209/150‑1 (MQ=255) aCATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGt < 2:946012/150‑1 (MQ=255) aCATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGt > 1:1703193/1‑150 (MQ=255) cATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGAACAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTc > 2:1537860/1‑150 (MQ=255) aTTGGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCg < 1:3417507/150‑1 (MQ=255) ttGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAg < 2:1191883/150‑1 (MQ=255) cTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTc < 1:1176925/150‑1 (MQ=255) cTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTc > 1:713848/1‑150 (MQ=255) cTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTAAAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTc > 1:1492782/1‑150 (MQ=255) aTGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTGCAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAg > 2:1321785/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |