| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 37,692 | G→T | 8.7% | Q45K (CAG→AAG) | caiC ← | putative crotonobetaine/carnitine‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 37,692 | 0 | G | T | 8.7% | 951.0 / 23.4 | 307 | Q45K (CAG→AAG) | caiC | putative crotonobetaine/carnitine‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (164/102); new base T (2/38); total (166/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
GGCGTTAATCGGCACCATAATCGCGCCAATTTTTGCCAGCCCGAACCAGCAAAAGATAAATTCCGGGCAGTTGTCGAGATGTAGTGCAACCTTGTCGCCTTTGCGAATCCCCAGCGTATAAAACAGGTTT‑GCCGTGCGGTTAA‑TCTCCTGATTTAACTCAAGATAACTATACCGGTTAACGACTCCGCCGCTGGATTCACAAATCAGCGCCGTTTTATGACCGTAAACGTCCGCAAGATCGTCCCACATTTGACGTAGATGTTGTCCGCCAATGATATCCATTGCACCTCTATCCATTT > CP009273/37543‑37841 | ggcgTTAATCGGCACCATAATCGCGCCAATTTTTGCCAGCCCGAACCAGCAAAAGATAAATTCCGGGCAGTTGTCGAGATGTAGTGCAACCTTGTCGCCTTTGCGAATCCCCAGCGTATAAAACAGGTTT‑GCCGTGCGGTTAA‑TCTCCTg < 2:2869482/150‑1 (MQ=255) gTTAATCGGCACCATAATCGCGCCAATTTTTGCCAGCCCGAACCAGCAAAAGATAAATTCCGGGCAGTTGTCGAGATGTAGTGCAACCTTGTCGCCTTTGCGAATCCCCAGCGTATAAAACAGGTTT‑GCCGTGCGGTTAA‑TCTCCTGAtt > 1:3732835/1‑150 (MQ=255) tAATCGGCACCATAATCGCGCCAATTTTTGCCAGCCCGAACCAGCAAAAGATAAATTCCGGGCAGTTGTCGAGATGTAGTGCAACCTTGTCGCCTTTGCGAATCCCCAGCGTATAAAACAGGTTT‑GCCGTGCGGTTAA‑TCTCCTGATTTa > 1:2745211/1‑150 (MQ=255) 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cTGATTTAACTCAAGATAACTATACCGGTTAACGACTCCGCCGCTGGATTCACAAATCAGCGCCGTTTTATGACCGTAAACGTCCGCAAGATCGTCCCACATTTGACGTAGATGTTGTCCGCCAATGATATCCATTGCACCTCTATCCAt > 2:760654/1‑150 (MQ=255) gATTTAACTCAAGATAACTATACCGGTTAACGACTCCGCCGCTGGATTCACAAATCAGCGCCGTTTTATGACCGTAAACGTCCGCAAGATCGTCCCACATTTGACGTAGATGTTGTCCGCCAATGATATCCATTTCACCTCTATCCAttt > 1:222959/1‑150 (MQ=255) | GGCGTTAATCGGCACCATAATCGCGCCAATTTTTGCCAGCCCGAACCAGCAAAAGATAAATTCCGGGCAGTTGTCGAGATGTAGTGCAACCTTGTCGCCTTTGCGAATCCCCAGCGTATAAAACAGGTTT‑GCCGTGCGGTTAA‑TCTCCTGATTTAACTCAAGATAACTATACCGGTTAACGACTCCGCCGCTGGATTCACAAATCAGCGCCGTTTTATGACCGTAAACGTCCGCAAGATCGTCCCACATTTGACGTAGATGTTGTCCGCCAATGATATCCATTGCACCTCTATCCATTT > CP009273/37543‑37841 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |