| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,822,274 | T→A | 9.9% | intergenic (‑249/‑31) | gltS ← / → xanP | glutamate transporter/xanthine permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,822,274 | 0 | T | A | 9.9% | 712.2 / 55.2 | 222 | intergenic (‑249/‑31) | gltS/xanP | glutamate transporter/xanthine permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (138/59); new base A (17/5); total (155/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.18e-01 | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
TGGGTCAAATTCTCAGCTGTTAATGAACAAATGGCATGGATTTTAAGCAGAAAAATACCAAAAGTTATATAAAAAAGTGCATTTATCTCATTTAAATATTTAGATGAGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGAAAATGCGCAACCGGTTGCGCAGACTCAAAACAGCGAACTGATTTACCGTCTTGAAGATCGTCCGCCGCTTCCTCAAACCCTGTTTGCCGCC > CP009273/3822125‑3822421 | tGGGTCAAATTCTCAGCTGTTAATGAACAAATGGCATGGATTTTAAGCAGAAAAATACCAAAAGTTATATAAAAAAGTGCATTTATCTCATTTAAATATTTAGATGAGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAAt < 1:858180/150‑1 (MQ=255)tGGGTCAAATTCTCAGCTGTTAATGAACAAATGGCATGGATTTTAAGCAGAAAAATACCAAAAGTTATATAAAAAAGTGCATTTATCTCATTTAAATATTTAGATGAGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAAt > 2:2404511/1‑150 (MQ=255) gggTCAAATTCTCAGCTGTTAATGAACAAATGGCATGGATTTTAAGCAGAAAAATACCAAAAGTTATATAAAAAAGTGCATTTATCTCATTTAAATATTTAGATGAGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATg > 1:2867499/1‑150 (MQ=255) 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tAAAAAGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGAAAATGCGCCACCGGTTGCGCAGACTCAAAAAAGCGAACAGATTTAAAGTCTTGATGATCGTCCGCCGCTTCCTCAAACCCGGTTTgcc > 1:3827278/1‑150 (MQ=255) aaaTGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGAAAATGCGCCACCGGTTGCGCAGACTCAAAACAGCGAACTGATTTACCGTCTTGAAGATCGTCCGCCGCTTCCTCAAACCCTGTTTgccgc > 2:284315/1‑150 (MQ=255) | TGGGTCAAATTCTCAGCTGTTAATGAACAAATGGCATGGATTTTAAGCAGAAAAATACCAAAAGTTATATAAAAAAGTGCATTTATCTCATTTAAATATTTAGATGAGGATGTGGCAAACGTTTGCTTTTCTCTTTCGGTCAGCTAAAATGCCCGCTTTGCTACCACGGGATTGTTTTCGATGTCTGTTTCCACCCTCGAGTCAGAAAATGCGCAACCGGTTGCGCAGACTCAAAACAGCGAACTGATTTACCGTCTTGAAGATCGTCCGCCGCTTCCTCAAACCCTGTTTGCCGCC > CP009273/3822125‑3822421 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |