| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,829,464 | T→G | 16.7% | intergenic (‑175/‑118) | yicJ ← / → selC | putative transporter/tRNA‑Sec |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,829,464 | 0 | T | G | 16.7% | 573.7 / 122.4 | 240 | intergenic (‑175/‑118) | yicJ/selC | putative transporter/tRNA‑Sec |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (105/95); new base G (25/15); total (130/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
TGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGCCTCCATGTAGCAATCGAGGCGCGGAAGATCGTCGTCTCCGGTGAGGCGGCTGGA > CP009273/3829315‑3829613 | cTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACtat < 1:1380735/150‑1 (MQ=255) tGAGACCGATAACGCATTATGTAAACCATCCCAGTGAGAGCGAATATTACGATATCTGGTTATTAATTAATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCTATCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACtata > 1:2877134/1‑150 (MQ=255) gagaCCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATaa > 1:265309/1‑150 (MQ=255) gagaCCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATaa > 2:4081171/1‑150 (MQ=255) agaCCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAAt > 1:3064902/1‑150 (MQ=255) gaCCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATg < 1:4346767/150‑1 (MQ=255) aCCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATGc < 2:1006827/150‑1 (MQ=255) ccGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGCGAATATTCCGATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATGCt < 2:59543/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |