| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,930,175 | A→T | 11.2% | N180Y (AAT→TAT) | rbsB → | D‑ribose transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,930,175 | 0 | A | T | 11.2% | 1063.2 / 97.5 | 322 | N180Y (AAT→TAT) | rbsB | D‑ribose transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (133/153); new base T (18/18); total (151/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 332 total aligned reads displayed.
ACGTACTGGGCGGCAAAATCGCTGGTGATTACATCGCGAAGAAAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTGCCAGCCAGCCAGCAGATTTTGATCGCATTAAAGGTTTGAACGTAATGCAGAACCTGTTGACCGCTCATCCGGATGTTCAGGCTGTATTCGCGCAGAATGATGAAATGGCGCTGGGCGCGCTGCGCGCACTGCAAACTGCC > CP009273/3930026‑3930324 | gTACTGGGCGGCAAAATCGCTGGTGATTACATCGCGAAGAAAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAAt > 2:3009433/1‑150 (MQ=255) gTACTGGGCGGCAAAATCGCTGGTGATTACATCGCGAAGAAAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATCGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAAt < 1:494464/150‑1 (MQ=255) aCTGGGCGGCAAAATCGCTGGTGATTACATCGCGAAGAAAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGt > 1:238561/1‑150 (MQ=255) cTGGGCGGCAAAATCGCTGGTGATTACATCGCGAAGAAAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGtt < 1:2112193/150‑1 (MQ=255) tGGGCGGCAAAATCGCTGGTGATTACATCGCGAAGAAAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTc > 2:650153/1‑150 (MQ=255) ggcggcAAAATCGCTGGTGATTACATCGCGAAGAAAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCtt > 1:3339575/1‑150 (MQ=255) ggcggcAAAATCGCTGGTGATTACATCGCGAAGAAAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCtt < 1:2911525/150‑1 (MQ=255) cggcAAAATCGCTGGTGATTACATCGCGAAGAAAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTgc > 1:3892948/1‑150 (MQ=255) aaaTCGCTGGTGATTACATCGCGAAGAAAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTgccagcc > 2:3272796/1‑150 (MQ=255) cGCTGGTGATTACATCGCGAAGAAAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTgccagccagcc < 2:1291336/150‑1 (MQ=255) gCTGGTGATTACATCGCGAAGAAAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTgccagccagcca < 1:1586885/150‑1 (MQ=255) gCTGGTGATTACATCGCGAAGAAAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTgccagccagcca > 2:2826428/1‑150 (MQ=255) gCTGGTGATTACATCGCAAAGAAAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTTATGTTCTTgccagccagcca < 1:2454890/150‑1 (MQ=255) cTGGTGATTACATCGCGAAGAAAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTGccagccagccag < 2:801291/150‑1 (MQ=255) tGGTGATTACATCGCGAAGAAAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTGCcagccagccagc > 1:5271/1‑150 (MQ=255) gATTACATCGCGAAGAAAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTGCCAGCCAGCCAGCAGAt < 1:465185/150‑1 (MQ=255) ttACATCGCGAAGAAAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTGCCAGCCAGCCAGCAGAttt > 2:3968683/1‑150 (MQ=255) tACATCGCGAAGAAAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTGCCAGCCAGCCAGCAGAtttt < 1:2543364/150‑1 (MQ=255) 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aagaaAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTGCCAGCCAGCCAGCAGATTTTGATCGCAtt > 2:1836977/1‑150 (MQ=255) aagaaAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTGCCAGCCAGCCAGCAGATTTTGATCGCAtt < 1:3539074/150‑1 (MQ=255) aagaaAGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTGCCAGCCAGCCAGCAGATTTTGATCGCAtt > 2:4112831/1‑150 (MQ=255) aaaGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTGCCAGCCAGCCAGCAGATTTTGATCGCATTaaa < 2:3381498/150‑1 (MQ=255) aaGCGGGTGAAGGTGCCAAAGTTATCGAGCTGCAAGGCATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTTATGTTCTTGCCAGCCAGCCAGCAGATTTTGATCGCATTAAAg < 1:2103220/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |