| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,976,846 | A→T | 15.9% | S177C (AGC→TGC) | aslB → | putative AslA‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,976,846 | 0 | A | T | 15.9% | 867.0 / 153.3 | 314 | S177C (AGC→TGC) | aslB | putative AslA‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (129/135); new base T (31/19); total (160/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.25e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
GTTTATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCAGGTATATGATTTTTTGTGCGATGCGGGAGTCGAATTCATCCAGTTTATTCCGGTGGTCGAGCGCCTGGCTGATGAAACAACTGCCCGCGATGGACTTAAGTTACATGCGCCTGGTGATATTCAGGGTGAG > CP009273/3976697‑3976995 | ttATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAgc > 1:3809448/1‑150 (MQ=255) tATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAgcg > 2:767560/1‑150 (MQ=255) tATCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAgcg > 2:400794/1‑150 (MQ=255) aTCGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAgcgc > 2:589725/1‑150 (MQ=255) cGCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAgcgcgc > 1:2211621/1‑150 (MQ=255) gCTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCgca < 2:2802170/150‑1 (MQ=255) cTGGATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCgcag < 2:2288385/150‑1 (MQ=255) gATGGCCCGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCTGCGCGCAGCaa > 1:844496/1‑150 (MQ=255) cccGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGtt < 1:1757528/150‑1 (MQ=255) ccGCCTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTg > 2:4391199/1‑150 (MQ=255) cTGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCAgg < 2:3575708/150‑1 (MQ=255) tGAGATCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCAGGt > 2:2885886/1‑150 (MQ=255) gaTCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCAGGtata > 2:3404610/1‑150 (MQ=255) aTCCACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCAGGTatat > 1:4148315/1‑150 (MQ=255) ccACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCAGGTATATGa > 1:2593072/1‑150 (MQ=255) ccACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCAGGTATATGa < 1:404721/150‑1 (MQ=255) ccACAATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGCGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCTGCGCGCAGCAACCGTTGCAGGTATATGa > 1:2993565/1‑150 (MQ=255) acaATCAATATCGCGTGACTAAAGGTGGCAGACCCACGCATAAGCTGGTGATGCGTGCCCTGACGCTCCTGCAAAAACATCATGTCGACTATAACGTGCTGGTCTGCGTTAATCGCACCAGCGCGCAGCAACCGTTGCAGGTATATGAtt < 1:2296035/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |