Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,080,315 | C→A | 14.1% | intergenic (+106/‑47) | fdhD → / → yiiG | formate dehydrogenase formation protein/DUF3829 family lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,080,315 | 0 | C | A | 14.1% | 494.1 / 4.3 | 183 | intergenic (+106/‑47) | fdhD/yiiG | formate dehydrogenase formation protein/DUF3829 family lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/112); new base A (27/2); total (69/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-15 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
TCGGGCAACGGTTTATACCCATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATTTATTATGTTCACTCTCTTATCTATATATTTATAAGGCAATTAAATGAAAAGGAATTTATTATCTTCCGCTATTATAGTCGCCATCATGTCCCTCGGTCTGACGGGTTGTGATGATAAAAAAGCCGAAACAGAAACGCTCCCGCCTG > CP009273/4080167‑4080464 | tCGGGCAACGGTTTATACCCATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCa < 1:820900/150‑1 (MQ=255) aaCGGTTTATACCCATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTtatttttttatttttt > 2:2688434/1‑150 (MQ=255) aaCGGTTTATACCCATCCGCAGCGTTTGAGCAATTAATTAAAATAAGTCCTGCGAAATATATTAAATTGCAGGACTTATTCATTTCGTGAATTTTATTATTTTATTTATAAACAAAATGCGTGTAGTGGCGTTTTCTTTTTTCATttatt < 2:1290083/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |