| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,118,851 | G→T | 8.8% | T84T (ACG→ACT) | metB → | cystathionine gamma‑synthase, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,118,851 | 0 | G | T | 8.8% | 1157.3 / 59.0 | 313 | T84T (ACG→ACT) | metB | cystathionine gamma‑synthase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (140/145); new base T (13/15); total (153/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
TTTACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACTCGCGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGACCGTCTTTTTGAAACCTGGCGATCTGCTGGTTGCGCCGCACGACTGCTACGGCGGTAGCTATCGCCTGTTCGACAGTCTGGCGAAACGCGGTTGCTATCGCGTGTTGTTTGTTGATCAAGGCGATGAACAGGCATTACGGGCAGCGCT > CP009273/4118702‑4119000 | tttACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACTCGCGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACg > 2:3970783/1‑150 (MQ=255) tACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACTCGCGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGAc > 2:2810617/1‑150 (MQ=255) tACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACTCGCGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGAc < 1:1918553/150‑1 (MQ=255) aCCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACTCGCGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGAcc > 1:1508592/1‑150 (MQ=255) ccGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACTCGCGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGACCg > 2:100944/1‑150 (MQ=255) cGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACTCGCGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGACCGt > 2:2592506/1‑150 (MQ=255) gATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACTCGCGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGACCGTCt > 1:536419/1‑150 (MQ=255) tttAATGAACCGCGCGCGCATGATTACTCGCGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACTACCGTCttt < 2:1996912/150‑1 (MQ=255) tttAATGAACCGCGCGCGCATGATTACTCGCGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGACCGTCttt < 1:2831119/150‑1 (MQ=255) aTGAACCGCGCGCGCATGATTACTCGCGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGACCGTCTTTTTGa > 1:3771286/1‑150 (MQ=255) aCCGCGCGCGCATGATTACTCGCGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGACCGTCTTTTTGAAAcc < 2:3468323/150‑1 (MQ=255) ccGCGCGCGCATGATTACTCGCGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGACCGTCTTTTTGAAACCt < 2:1183970/150‑1 (MQ=255) ccGCGCGCGCATGATTACTCGCGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGACCGTCTTTTTGAAACCt > 1:67832/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |