| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,122,248 | A→T | 7.2% | intergenic (+53/‑296) | metL → / → metF | Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 2/5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,122,248 | 0 | A | T | 7.2% | 1005.1 / 53.1 | 290 | intergenic (+53/‑296) | metL/metF | Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 2/5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (100/169); new base T (11/10); total (111/179) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
CGATAACCCTCTGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATACCGGATTTTCTTTTTCTTACCATCCTGAAGTTTT > CP009273/4122099‑4122397 | gATAACCCTCTGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGTACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTaa < 2:3914020/150‑1 (MQ=255) gATAACCCTCTGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTaa > 1:2916770/1‑150 (MQ=255) tAACCCTCTGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATg < 1:1257140/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |