| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,163,211 | A→T | 14.3% | N68Y (AAT→TAT) | birA → | bifunctional biotin‑[acetylCoA carboxylase] holoenzyme synthetase/ DNA‑binding transcriptional repressor, bio‑5'‑AMP‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,163,211 | 0 | A | T | 14.3% | 770.2 / 96.9 | 255 | N68Y (AAT→TAT) | birA | bifunctional biotin‑[acetylCoA carboxylase] holoenzyme synthetase/ DNA‑binding transcriptional repressor, bio‑5'‑AMP‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (121/97); new base T (16/21); total (137/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
AATTTCACTCTGGCGAGCAGTTGGGTGAAACGCTGGGAATGAGCCGGGCGGCTATTAATAAACACATTCAGACACTGCGTGACTGGGGCGTTGATGTCTTTACCGTTCCGGGTAAAGGATACAGCCTGCCTGAGCCTATCCAGTTACTTAATGCTAAACAGATATTGGGTCAGCTGGATGGCGGTAGTGTAGCCGTGCTGCCAGTGATTGACTCCACGAATCAGTACCTTCTTGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGTGGT > CP009273/4163062‑4163360 | aagttCACTCTGGCGAGCAGTTGGGTGAAACGCTGGGAATGAGCCGGGCGGCTATTAATAAACACATTCAGACACTGCGTGACTGGGGCGTTGATGTCTTTACCGTTCCGGGTAAAGGATACAGCCTGCCTGAGCCTATCCAGTTACTTa < 2:878879/147‑1 (MQ=255) aTTTCACTCTGGCGAGCAGTTGGGTGAAACGCTGGGAATGAGCCGGGCGGCTATTAATAAACACATTCAGACACTGCGTGACTGGGGCGTTGATGTCTTTACCGTTCCGGGTAAATGATACAGCCAGCCTGAGCCTATCCAGATACTTaa > 1:1642923/1‑150 (MQ=255) tttCACTCTGGCGAGCAGTTGGGTGAAACGCTGGGAATGAGCCGGGCGGCTATTAATAAACACATTCAGACACTGCGTGACTGGGGCGTTGATGTCTTTACCGTTCCGGGTAAAGGATACAGCCTGCCTGAGCCTATCCAGTTACTTAAt < 1:2572507/150‑1 (MQ=255) 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tATCCAGTTACTTAATGCTAAACAGATATTGGGTCAGCTGGATGGCGGTAGTGTAGCCGTGCTGCCAGTGATTGACTCCACGAATCAGTACCTTCTTGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACcagca > 2:4313468/1‑150 (MQ=255) aTCCAGTTACTTTATGCTAAACAGATATTGGGTCAGCTGGATGGCGGTAGTGTAGCCGTGCTGCCAGTGATTGACTCCACGAATCAGTACCTTCTTGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACcagcag < 2:3073136/150‑1 (MQ=255) aTCCAGTTACTTAATGCTAAACAGATATTGGGTCAGCTGGATGGCGGTAGTGTAGCCGTGCTGCCAGTGATTGACTCCACGAATCAGTACCTTCTTGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACcagcag > 1:1235990/1‑150 (MQ=255) cAGTTACTTAATGCTAAACAGATATTGGGTCAGCTGGATGGCGGTAGTGTAGCCGTGCTGCCAGTGATTGACTCCACGAATCAGTACCTTCTTGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCt < 2:2475094/150‑1 (MQ=255) cAGTTACTTAATGCTAAACAGATATTGGGTCAGCTGGATGGCGGTAGTGTAGCCGTGCTGCCAGTGATTGACTCCACGAATCAGTACCTTCTTGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCt > 2:4141011/1‑150 (MQ=255) 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cTTTATGCTAAACAGATATTGGGTCAGCTGGATGGCGGTAGTGTAGCCGTGCTGCCAGTGATTGACTCCACGAATCAGTACCTTCTTGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGt > 1:298968/1‑150 (MQ=255) cTTAATGCTAAACAGATATTGGGTCAGCTGGATGGCGGTAGTGTAGCCGTGCTGCCAGTGATTGACTCCACGAATCAGTACCTTCTTGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGt > 2:338900/1‑150 (MQ=255) | AATTTCACTCTGGCGAGCAGTTGGGTGAAACGCTGGGAATGAGCCGGGCGGCTATTAATAAACACATTCAGACACTGCGTGACTGGGGCGTTGATGTCTTTACCGTTCCGGGTAAAGGATACAGCCTGCCTGAGCCTATCCAGTTACTTAATGCTAAACAGATATTGGGTCAGCTGGATGGCGGTAGTGTAGCCGTGCTGCCAGTGATTGACTCCACGAATCAGTACCTTCTTGATCGTATCGGAGAGCTTAAATCGGGCGATGCTTGCATTGCAGAATACCAGCAGGCTGGCCGTGGT > CP009273/4163062‑4163360 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |