| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,338,712 | T→A | 16.5% | intergenic (‑151/+420) | dcuB ← / ← dcuR | C4‑dicarboxylate transporter, anaerobic; DcuS co‑sensor/response regulator in two‑component regulatory system with DcuS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,338,712 | 0 | T | A | 16.5% | 666.4 / 115.1 | 236 | intergenic (‑151/+420) | dcuB/dcuR | C4‑dicarboxylate transporter, anaerobic; DcuS co‑sensor/response regulator in two‑component regulatory system with DcuS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (73/124); new base A (18/21); total (91/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
TGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTAAAGCAGCGGCAAATTTATGCACTGTGATAAGCGGCTTTTTCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCA > CP009273/4338563‑4338861 | tgtgAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGAtt < 2:1221035/150‑1 (MQ=255) gtgAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTa < 1:3392426/150‑1 (MQ=255) gAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGAACACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATaaaa < 2:2363008/150‑1 (MQ=255) 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cTGATTAAAGCAGCGGCAAATTTATGCACTGTGATAAGCGGCTTTTTCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGt < 1:2955275/150‑1 (MQ=255) tGATTAAAGCAGCGGCAAATTTATGCACTGTGATAAGCGGCTTTTTCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGtt > 2:609658/1‑150 (MQ=255) | TGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTAAAGCAGCGGCAAATTTATGCACTGTGATAAGCGGCTTTTTCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCA > CP009273/4338563‑4338861 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |