Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,354,610 | A→T | 24.1% | W84R (TGG→AGG) | dsbD ← | fused thiol:disulfide interchange protein: activator of DsbC/conserved protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,354,610 | 0 | A | T | 24.1% | 586.5 / 202.2 | 273 | W84R (TGG→AGG) | dsbD | fused thiol:disulfide interchange protein: activator of DsbC/conserved protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (85/122); new base T (20/46); total (105/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 |
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
GGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAGCAAAGGCTTGAT > CP009273/4354461‑4354759 | ggTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCa < 1:4002950/150‑1 (MQ=255) ggTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCa > 2:1513692/1‑150 (MQ=255) ggTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCa > 2:4316558/1‑150 (MQ=255) tttCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGa > 2:965024/1‑150 (MQ=255) ttCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGAc < 2:79765/150‑1 (MQ=255) ggCTGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCt < 2:2578263/150‑1 (MQ=255) cGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCTGACGCCTTg > 2:2446615/1‑150 (MQ=255) aTAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCgg > 1:4082613/1‑150 (MQ=255) tAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGc < 1:1013630/150‑1 (MQ=255) aaCAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCTGACGCCTTGCGGCa > 1:518837/1‑150 (MQ=255) aaCAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCa > 1:459159/1‑150 (MQ=255) aaCAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCa > 1:3053370/1‑150 (MQ=255) aaCAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCa > 2:590740/1‑150 (MQ=255) 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ttttGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGtttt < 2:2975890/150‑1 (MQ=255) tttGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCTGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTg < 1:1100147/150‑1 (MQ=255) tttGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTg < 1:590740/150‑1 (MQ=255) ttGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGc < 1:1747566/150‑1 (MQ=255) aaaaCTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAAt > 2:3742062/1‑150 (MQ=255) aaaCTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATc < 1:3429117/150‑1 (MQ=255) aCTCATCTTCATGCCTGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCaa > 2:2855556/1‑150 (MQ=255) cTCATCTTCATGCCTGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCaaa > 2:4424492/1‑150 (MQ=255) tCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCaaaa < 2:1353915/150‑1 (MQ=255) tCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCaaaa < 2:2210395/150‑1 (MQ=255) tCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCaaaa > 1:2244587/1‑150 (MQ=255) cATCTTCCTGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAg < 2:1223986/150‑1 (MQ=255) cATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAg > 1:75370/1‑150 (MQ=255) aTCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAGc < 2:242652/150‑1 (MQ=255) ttCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAGCaaa > 2:2110847/1‑150 (MQ=255) 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ccAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAGCGAAGGCTTg > 1:2757416/1‑150 (MQ=255) ccAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAGCAAAGGCTTg < 1:1057944/150‑1 (MQ=255) | GGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCACGTCGGCAATTTTCGCGTGTTCCGGCGTAATGCGGATCTGTTTACGGTAGAGGTAGTAACCGTCTTTGATCTGCCAGGTCAGATTAAGGTCATGTTGGTTTTGCTGAAAATCAAAAGCAAAGGCTTGAT > CP009273/4354461‑4354759 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |