| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,415,892 | G→T | 19.7% | intergenic (+9/‑33) | rpsR → / → rplI | 30S ribosomal subunit protein S18/50S ribosomal subunit protein L9 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,415,892 | 0 | G | T | 19.7% | 746.3 / 140.6 | 269 | intergenic (+9/‑33) | rpsR/rplI | 30S ribosomal subunit protein S18/50S ribosomal subunit protein L9 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (82/134); new base T (22/31); total (104/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
AAAAACTACATCACCGAAAGCGGTAAGATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATACGACTTTGAGAGGATAAGGTAATGCAAGTTATTCTGCTTGATAAAGTAGCAAACCTGGGTAGCCTGGGTGATCAGGTAAACGTTAAAGCGGGCTATGCTCGTAACTTCCTGGTACCGCAGGGTAAAGCTGTTCCAG > CP009273/4415743‑4416039 | aaaaCTACATCACCGAAAGCGGTAAGATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACgg > 1:1259765/1‑150 (MQ=255) aaaaCTACATCACCGAAAGCGGTAAGATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACgg > 1:1260917/1‑150 (MQ=255) aaaCTACATCACCGAAAGCGGTAAGATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGt > 2:4256767/1‑150 (MQ=255) aaCTACATCACCGAAAGCGGTAAGATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTc > 2:2385195/1‑150 (MQ=255) cTACATCACCGAAAGCGGTAAGATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCa > 2:182200/1‑150 (MQ=255) tACATCACCGAAAGCGGTAAGATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCAt < 2:634263/150‑1 (MQ=255) aCCGAAAGCGGTAAGATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATAc < 1:2458465/150‑1 (MQ=255) aCCGAAAGCGGTAAGATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATAc < 1:2537561/150‑1 (MQ=255) gAAAGCGGTAAGATTGTCTCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATACGAc < 1:3705158/150‑1 (MQ=255) aGCGGTAAGATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATACGACttt < 1:1652554/150‑1 (MQ=255) aGCGGTAAGATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATACGACttt > 2:3322780/1‑150 (MQ=255) aGCGGTAAGATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATACGACttt < 1:4534041/150‑1 (MQ=255) gCGGTTAGATTGTCCCAAGCCTTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCATCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATACGACTTTg < 1:3988262/150‑1 (MQ=255) ggTAAGATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACTGTCCATTAATACGACTTTgag > 2:3784568/1‑150 (MQ=255) ggTAAGATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATACGACTTTgag > 2:1175712/1‑150 (MQ=255) gTAAGATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATACGACTTTgaga < 1:2940760/150‑1 (MQ=255) tAAGATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATACGACTTTGagag < 2:3124941/150‑1 (MQ=255) aGATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATACGACTTTGAGAGGa < 1:3115809/150‑1 (MQ=255) aGATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATACGACTTTGAGAGGa > 2:1114412/1‑150 (MQ=255) aGATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATACGACTTTGAGAGGa < 1:2392436/150‑1 (MQ=255) gATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATACGACTTTGAGAGGAt > 1:354676/1‑150 (MQ=255) gATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATACGACTTTGAGAGGAt < 1:1942629/150‑1 (MQ=255) gTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATACGACTTTGAGAGGATAAgg < 1:2840272/150‑1 (MQ=255) 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aaGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACTGTCCATTAATACGACTTTGAGAGGATAAGGTAATg > 2:3877316/1‑150 (MQ=255) aaGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATACGACTTTGAGAGGATAAGGTAATg < 2:1045955/150‑1 (MQ=255) gTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATACGACTTTGAGAGGATAAGGTAATGCAAGt < 1:1548415/150‑1 (MQ=255) gTATCACCGGGACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATACGACTTTGAGAGGATAAGGTAATGCAAGt < 2:4508290/150‑1 (MQ=255) aTCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATACGACTTTGAGAGGATAAGGTAATGCAAGTTa < 2:1437420/150‑1 (MQ=255) 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tCACGGTCCATTAATACGACTTTGAGAGGATAAGGTAATGCAAGTTATTCTGCTTGATAAAGTAGCAAACCTGGGTAGCCTGGGTGATCAGGTAAACGTTAAAGCGGGCTATGCTCGTAACTTCCTGGTACCGCAGGGTAAAGCTGTTcc < 2:1560900/150‑1 (MQ=255) cACGGTCCATTAATACGACTTTGAGAGGATAAGGTAATGCAAGTTATTCTGCTTGATAAAGTAGCAAACCTGGGTAGCCTGGGTGATCAGGTAAACGTTAAAGCGGGCTATGCTCGTAACTTCCTGGTACCGCAGGGTAAAGCTGTTCCa < 1:2811610/150‑1 (MQ=255) | AAAAACTACATCACCGAAAGCGGTAAGATTGTCCCAAGCCGTATCACCGGTACCCGTGCAAAATACCAGCGTCAGCTGGCTCGCGCTATCAAACGCGCTCGCTACCTGTCCCTGCTGCCGTACACTGATCGCCATCAGTAATCGGTCACGGTCCATTAATACGACTTTGAGAGGATAAGGTAATGCAAGTTATTCTGCTTGATAAAGTAGCAAACCTGGGTAGCCTGGGTGATCAGGTAAACGTTAAAGCGGGCTATGCTCGTAACTTCCTGGTACCGCAGGGTAAAGCTGTTCCAG > CP009273/4415743‑4416039 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |