Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,469,550 | G→A | 92.2% | A2T (GCT→ACT) | yjgN → | DUF898 family inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,469,550 | 0 | G | A | 92.2% | 774.8 / 41.3 | 235 | A2T (GCT→ACT) | yjgN | DUF898 family inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/7); new base A (92/124); total (104/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 |
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
TCTCTTCTTACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTACCATGGGCATTAATGAAATGT > CP009273/4469403‑4469696 | tctctTCTTACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTCTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACt > 1:1280737/1‑150 (MQ=255) cttcttACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCaa > 1:3057127/1‑150 (MQ=255) tcttACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGt < 1:1581849/150‑1 (MQ=255) cttACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGtt < 2:1233641/150‑1 (MQ=255) cttACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGtt < 2:2984935/150‑1 (MQ=255) acgtacgCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGttatt < 2:3567240/150‑1 (MQ=255) cgtacgCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGttatta > 1:4266906/1‑150 (MQ=255) gtacgCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTaa > 2:3073811/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |